相同温度下，干热灭菌法和湿热灭菌法相比较，湿热的灭菌效果较干热好，使用也更普遍。湿热较干热灭菌效果好的原因有：热蒸汽对细胞成分的破坏作用更强。水分子的存在有助于破坏维持蛋白质三维结构的氢键和其他相互作用弱的键，更易使蛋白质变性。蛋白质含水量与其凝固温度成反比。湿热灭菌中的菌体蛋白质吸收水分，因此较同一温度的干热空气中的菌体蛋白质更易凝固。蒸汽存在潜热当气体转变为液体时可放出大量热量，故可迅速提高灭菌物体的温度。因而湿热灭菌比干热所要温度低，如在同一温度下，则湿热灭菌所需时间比干热短。湿热的穿透力比干热大，使深部也能达到灭菌温度，故湿热比干热收效好。
