1、Circos 中文教程前言最近在用 Circos 画一些典型的基因组物理图，也在适当的用 circos 的这种展示方式来表示一些其他的联系，比如遗传图谱 marker 之间的关系、遗传图谱与物理图谱的对应关系等。所以感觉一步步的把 circos 的英文教程翻译出来，是对自己的一个锻炼也方便与大家一起交流。废话不多说了，开始吧！一、 目录结构与配置1.1 Unix VS windows如果你在安装 perl 或者一些模块时有困难，你可以使用网上的一些资源来解释如何去下载 perl，如何去在 Linux、Mac OS X 和 Windows 上工作以及如何去安装模块。如果你任然有困难，你可以把你的
2、问题提交到 Circos group。需要去安装模块吗？去了解模块安装指导和 Windows 用户教程。关于 libgd 和 GD 模块有困难？去了解 Perl libgd/GD 教程或者 Paulo Nuins Installing Circos on Mac OS X.需要在 Windows 上运行 Bash shell 批处理文件吗？你将需要安装一个 UNIX 命令行shell，比如 Cygwin。被错误困住?一个好的策略是去在 Google 上搜索错误信息（比如说 mkdir 权限问题）。想去更多学习 perl 吗？试试这个网站 learn.perl.org。UNIX VS WINDO
3、WS要运行 Circos，你需要 Perl. Perl 是一个解释性语言，这意味着你不需要去编译 Circos 来运行它。Perl 代码是可执行的，这涉及到解释、编译、运行。Circos 已经被设计成适合 UNIX 用户：没有用户界面，文本配置和命令行工具。Windows用户刚开始将发现有些不适应，但是相对来说很快就能熟悉。这部分的教程包含安装，配置，和 Perl 模块讨论 Circos 使用在 UNIX 和 Windows 上的差异。你不必去知道 Perl 怎么运行 Circos，你只需要去熟悉： 目录和文件的概念 在命令行下切换目录 在命令行下创建和删除目录 相对路径和绝对路径的概念不熟悉
4、 DOS 命令行的 Windows 用户应该阅读下面的这些教程。 Windows command line tutorial Windows command line prompt in 15 minutesPERL 安装Windows 用户应该不熟悉 Perl。这没什么好担心的，仅仅像是你安装过的其他应用程序一样。你必须在 DOS 命令行下使用它，但是这很快就能学会。UNIX 默认是安装了 Perl 的，除非你的系统很古老（用 perl v 去显示你的 Perl 版本，如果低于 5.8，那么该更新了），那你已经拥有了一个最近的版本。Windows 用户应该安装 Strawberry Perl
5、 或者 ActiveState Perl。两者都有包管理器它可以帮助你安装，更新和卸载模块。如何可能的话，使用管理器去取代 CPAN shell 来安装模块。细节可以去用看 Perl and Modules section。CIRCOS 安装UNIX 用户可以用 tar 来解压 Circos（比如 tar xvfz circos-0.54.tar.gz）。Windows 用户应该使用 Windows 内置的解压软件或者免费的工具像 7-Zip 或者其他的WinRAR 或者 WinZip 来解压。你将需要首先将文件解压成.tar，再抽取其中的文件。Circos 安装的细节在 Distributi
6、on and Installation 部分。在命令行中，你需要去想下面的参数来运行 perl 和使用 circos 脚本perl bincircos -conf tutorials22circos.confWindows 可能不知道该去如何处理 bincircos 文件Circos 教程在一个分开的包里你需要去另外下载。路径分隔符Windows 使用 作为目录分隔符，但是 UNIX 使用 /。 在教程中将使用 UNIX 的习惯。所以当你看到下面的格式：tutorials/2/2/circos.conf配置因为 UNIX 和 Windows 的目录结构不一样，所以你可能需要去调整教程例子的输出
7、路径。例如，在 UNIX 上 /tmp 被用作一个临时目录（可以创建临时文件比如教程图片）。在Windows 上这种目录是不存在的。你可以用-outputdir 和 -outputfile 参数来重新定义输出的目录和文件。# 在 windows 上可以这样执行perl bincircos -conf tutorials22circos.conf -outputdir . -outputfile tutorial_image.png细节可以看 Runtime Parameters section。批处理文件在有些工具和教程的目录中你将发现 UNIX 批处理文件，比如下面的这样：# tools/t
8、ableviewer/makeimage#!/bin/bash.cat samples/table-$n.txt | bin/parse-table -conf samples/parse-table-$n.conf | bin/make-conf -dir data.这是使用 BASH shell 写的不能在 Windows 上运行。你可以去安装个 Cygwin 来运行 UNIX shell。1.2 DISTRIBUTION DIRECTORY STRUCTURE AND INSTALLATION在 UNIX 上检查 Perl对于 UNIX 和 Mac OS X 用户来说，Perl 作为一个
9、基本的安装程序在系统上已经安装好了。去检查这个，你可以在终端运行下面的这个命令 which perl如果你安装了 perl 并且执行目录在 PATH 下，那么将返回这样的结果。 which perl/usr/bin/perl或者 which perl/usr/local/bin/perl或者其他位置，这依赖于你的安装。如果 which 没有返回任何结果，那你可能没有安装likely 检查已经安装的 perl 的版本： perl -vThis is perl, v5.10.0 built for .在 WINDOWS 上检查 PERL如果你运行 windows，那么你可能没有安装 perl，pe
10、rl 的安装在 Perl and Modules 部分。检查已经安装的 perl 的版本：C: perl -vThis is perl, v5.10.0 built for .安装 perl 模块即使你已经有了 Perl，你将需要一些额外的模块去运行 Circos。安装 circos要去大致了解安装过程和 UNIX 与 Windows 上的不同，请参考 UNIX vs Windows section。首先下载 Circos（ download Circos）。内容描述如下：在 UNIX 上安装 CIRCOS在 UNIX 系统上，用 tar 工具去抽取 Circos 文件。 tar xvfz c
11、ircos-x.xx.tgz cd circos-x.xx到了这一步，你可以去运行 Circos 测试下 bin/circos -man你应该得到一个帮助手册页面，另一方面，如果你得到像下面的错误：-bash: /bin/env: No such file or directory在你系统上 env 这个二进制文件的位置不是一个标准的位置（例如 Mac OS X）。到这里你需要在文件中或者系统中去做适当的调整。首先检查你的 env 文件在哪。 which env/usr/bin/env现在要么把 bin 和 tools/*/bin 下面所有脚本的第一行改成#!/usr/bin/env perl
12、或者更好的方法是做个链接 /usr/bin/env 到 /bin/env sudo su cd /bin ln -s /usr/bin/env env在 WINDOWS 上安装 CIRCOSWindows 用户应该使用 Windows 内置的解压软件或者免费的工具像 7-Zip 或者其他的WinRAR 或者 WinZip 来解压。你将需要首先将文件解压成.tar，再抽取其中的文件。你不需要去移动或者编辑任何文件。去运行 Circos，你需要去调用 perl 和使用命令行将 circos 脚本作为参数传递给 perl。C:perl C:pathtocircosbincircos any comm
13、and-line parameters任何时候你看到下面这种格式去运行脚本： tools/bin/binlinks .用这种方式代替C:perl toolsbinbinlinks .同样要注意在 UNIX 文件路径用/最为文件分隔符(例如 /bin/env) 在 Windows 上用 ( 像C:perlbinperl)。Windows 用户应该安装 Strawberry Perl 或者 ActiveState Perl。两者都有包管理器它可以帮助你安装，更新和卸载模块。如何可能的话，使用管理器去取代 CPAN shell 来安装模块。细节可以去用看 Perl and Modules secti
14、on。circos 内容当你下载和解压了 Circos，你将得到下面的目录结构：circos-x.xxCHANGESREADMETODObin/etc/fonts/lib/tiles/tools/教程内容如下：data/tutorials/BIN/Circos 脚本就在这个目录。Circos 是用 perl 写的并且是作为一个单独的可执行程序(bin/circos)。DATA/这个路径包含大量的数据文件，这些是教程所需要的。大部分这些数据文件是解析过的UCSC Genome Viewer Table Browser 的输出。下部分数据文件时包括一些随机产生的数据。ETC/Circos 全局配置
15、文件在这里，想 colors.conf 和 fonts.conf。这些文件是被导入到其他配置文件（像教程中的配置文件）。颜色和字体配置文件在 Configuration File section 有描述。 教程配置文件在 tutorials/ 。FONTS/Circos 使用 TTF。这些字体在 etc/fonts.conf 中有描述。Circos 只支持 TTF 而不支持Postscript 或者 OTF。LIB/代码库，这个你不用去看它。TILES/磁贴填充。在教程的 8.15 有讲解。TOOLS/各种帮助工具来为 Circos 进行操作（像连接的计数 用 binlinks）和解析 dat
16、a (想 tab 格式的可视化用)。TUTORIALS/教程是单独的作为 Circos 的文档。每个教程都将图像和对应的配置文件关联起来。教程是按组和章节组织的。每个组展示了 circos 的一些特征，并且每个独立的章节展示了配置文件的语法与特别的特征集。tutorials/.2/1/2/circos.confticks.confideogram.conf3/.不是所有的教程有 .conf 文件。有些教程，像 Configuration 描述一些内容（像关于 circos的分布，配置语法，数据文件等），但是没有一些举例的图像所以也没用.conf 文件 。所有的教程配置文件将从 etc/中导入全
17、局配置文件，比如 fonts.conf, colors.conf 和其他。1.3 配置文件 -语法，颜色，字体和单位Circos 产生静态图片。这些图片的产生过程是通过一个配置文件的实现的。这个文件通常会导入其它的配置文件，例如全局的颜色和字体设置。Circos 没有图形界面。典型的流程如下： 觉得数据该如何被显示（这是最难的部分） 将数据解析成 Circos 格式 构建一个配置文件，自己写或者用教程中的模版 运行 circos 来产生 PNG 和 SVG 格式文件 按发布文章的要求去适当编辑图片文件（像添加图例、文字等）配置语法配置文件是用 Config:General 模块来解析的。所有相
18、关的特征像下面这样描述，但是对于那些倾向于参考 modules man page 来学习语法的细节和解析那些文件。在配置文件中用这种格式来定义设置：variable = value （变量名=变量值）注意及时 Config:General 支持用空白符作为一个分隔符，但是 Circos 需要你用=来定义变量。有些设置是在一个块里面的，来创建一个分级结构。thickness = 30pfill = yes.有些块能够拥有多个实例，例如数据区。典型的，它们被附在另一个块上，这里比如。file = data/set1.txtcolor = black.file = data/set2.txtcolo
19、r = red.请确保你的配置文件是被正确的用一个适当的块关闭标签终止.# 或者） 在一个给定的 plot 轨迹中所有数据点的局部设置（在 或者） 指定单个数据点（在数据文件中） 使用一个规则（在 ）一个规则的参数集合重写了特定的数据文件。一个数据文件参数重写了或者 块，这在或者块中重写了全局参数。#全局参数fill_color = white. # 其他参数# 局部参数被设置成 greyfill_color = grey# 在数据文件中:# .# hs1 10 20 0.50 fill_color=dblue# .# # 数据点将变成 dblue 重写 fill_color= grey 和
20、fill_color= white. condition = var(value) 如果你正在绘制大量的相似的轨迹（像柱状图、热图等），可能的话使用全局参数是很有效的。当和用轨迹计数器自动追踪位置是特别高效的。在下面的这个例子中，每个绘制将用同样的最大值和最小值和颜色映射来绘制热图。在每个中，只有一些特异的参数需要去设置。type = heatmapmin = 0max = 1# this color name is a list - see below about color listscolor = spectral-4-divfile = data.1.txtr1 = 0.6rr0 =
21、0.5r.file = data.2.txtr1 = 0.7rr0 = 0.6r.file = data.3.txtr1 = 0.8rr0 = 0.7r.file = data.4.txtr1 = 0.9rr0 = 0.8r.外部导入有些设置从不或者很少改变，例如颜色和字体。为了保持主配置文件模块化，这些文件对于那些静态的值使用来导入。两个文件应该从 Circos 的文件目录中的 etc/被导入# colors, fonts and fill patterns# system and debug parameters这个 etc/colors_fonts_patterns.conf 文件它自己
22、也导入了如干其他文件 # etc/colors_fonts_patterns.confimport(etc/colors.conf)import(etc/fonts.conf)import(etc/patterns.conf)Circos 需要那些块用定义来被展示和填充。通常，我保存表意（ideograms）的配置在一个额外的文件中( ideogram.conf) ，并且对于标记格式化用(ticks.conf )。因为这些东西的设置是相当冗余的，但是和数据集不相关。从额外的文件来导入 ideogram 和 tick mark。主配置文件是很简洁的。此外，如果你正在使用不同的数据集来创建多个图像
23、，你可能使用同样的 ideogram 和 tick 设置。单独把这些设置保存起来更加合理。通常 ideogram.conf 和 ticks.conf 被放置在同样的目录比如 circos.conf 的目录，所以没有必要去添加路径到的文件名前。如果你的参数很少改变，那么考虑为这些配置创建额外的配置文件。你可以使用在配置文件的任何位置，比如 plot 块：file = data.4.txtr0 = 0.8rr1 = 0.9r被包含的文件也可以去包含其他的文件。当你用 包含一个文件，Circos 将搜索下面的路径来寻找文件 CONFIG_FILE 的相对位置 CONFIG_FILE_PATH/etc
24、 的相对位置 CIRCOS_PATH/etc CIRCOS_PATH/etc CIRCOS_PATH/ CIRCOS_PATH动态地评估参数在配置文件中，参数都是用下面的语法来设成常数。variable = value比如：color = blue当你想用值或者另外一个函数去指定一个配置参数时，这将会出现很多次。使用配置值任何参数都可以用适当的语法被设置另一个参数的值。parameter2 = conf(parameter1)或者在某个特定块中的参数值parameter2 = conf(block1,parameter1)parameter2 = conf(block1,block2,para
25、meter1).例如：track_color = bluecolor = conf(track_color).当配置文件被解析时，简单的替代是在所有的 conf(parameter)字符串被值所替换时才产生的。确保你在使用语法时事包括了完全的参数路径。因为：parameter1 = .你可以使用 conf(block1,block2,parameter1).参数的预处理操作任何参数都可以像 perl 一样被书写和执行。可以用 eval()这个函数来封装参数来实现这个功能。thickness = eval(1+1)color = eval(“b“.“l“.“u“.“e“)eval()函数在被用于
26、参考和人工操作其他配置参数时是非常有用的。例如：track_color = bluetrack_width = 100track_start = 0.5# color=bluecolor = conf(track_color)# r0 = 0.5rr0 = eval(conf(track_start) . “r“)# r1 = 0.5r+100pr1 = eval(conf(track_start) . “r“ + conf(track_width) . “p“)你正在用单个 conf(parameter)来定义一个参数，你不需要用 eval 函数，因为只是需要一个替换。但是，如果你需要去人工
27、操作一下值（像追加字符串，代数运算），那我这些表达式必须像代码那样去执行。因为 eval 函数需要你书写正确的 perl 语法，出错的可能就大些因此错误率也大。仔细检查，很容易忘记在调用函数时才有引用，确保你没有一个空单词。# OKx = eval( 1.05 . “r“ )# 下面的 r 没带引用x = eval( 1.05 . r )在块中调用 eval 的参数对于每个数据点是独立被评估的。自动计数器Circos 在运行时自懂对已经绘制的图形就行计数。你可以这些变量去自动追踪位置。具体请看 Automating Tracks.颜色通过在主配置文件中包括 etc/colors_fonts_p
28、atterns.conf 来实现对颜色字体等的配置# circos.conf.你正在包括原始的 RGB 和 HSV 两种颜色。# etc/colors.conf# primary RGB colors.# Brewer palettes# see etc/colors.brewer.conf# UCSC genome browser human chromosome colors# see etc/colors.ucsc.conf# HSV pure colors# see etc/colors.hsv.conf使用颜色颜色在使用时是用的颜色名称或者其 RGB 值# using RGB val
29、uescolor = 107,174,241# using namecolor = blue当把颜色作为一个可选的参数时，RGB 的值是需要用（）包括的。例如如果你想去为一个连接添加一个颜色：# using a color namechr1 100 200 chr2 200 250 color=blue,thickness=2# using RGB valuechr1 100 200 chr2 200 250 color=(107,174,241),thickness=2颜色名称Circos 中的颜色是用 RGB、HSV 值或者特定的颜色名，这些都可以去查下常用颜色 RGB对应表。# pure
30、 orangeporange = 255,127,0# dark pure orangedporange = 234,110,0# points to Brewer color.orange = oranges-7-seq-4# .which is defined in colors.brewer.conf asoranges-7-seq-4 = 253,141,60颜色名称语法对于同一个根颜色或者基本颜色，都有不同的变化范围，有 d（dark），l（light ）或者v（very ）。在 Brewer palette 颜色体系中是依次排列的，从淡到重。例如下面的：vvlorange = or
31、anges-7-seq-1vlorange = oranges-7-seq-2lorange = oranges-7-seq-3orange = oranges-7-seq-4dorange = oranges-7-seq-5vdorange = oranges-7-seq-6vvdorange = oranges-7-seq-7这是在 colors.brewer.conf 有定义：oranges-7-seq-1 = 254,237,222 oranges-7-seq-2 = 253,208,162 oranges-7-seq-3 = 253,174,107 oranges-7-seq-4 =
32、 253,141,60 oranges-7-seq-5 = 241,105,19 oranges-7-seq-6 = 217,72,1 oranges-7-seq-7 = 140,45,4 如果你想用原本颜色的话使用 p（pure），例如纯橘色：vvlporange = 255,182,106vlporange = 255,164,82lporange = 255,146,54porange = 255,127,0dporange = 234,110,0vdporange = 213,92,0vvdporange = 193,75,0可以去看看 etc/colors 下面的具体文件。下面还有一
33、些具体讲颜色的，我觉得没必要了，一般觉得常用的颜色不够的话就去查查RGB 表，选几个自己想要的颜色就行。颜色透明度用颜色透明度作为颜色的第四个参数# 0 .background = transparent # clear 也行.transparent 和 clear 是保留的，不要将这两个颜色值用作其他颜色。.COLOR SYNONYMS你可以对颜色重定义：favourite = greenalmost_favourite = orange.green = 51,204,94orange = 255,136,0但是注意不要弄成死循环了：# dont do thisfavourite = gre
34、engreen = favourite颜色列表一个颜色列表可以通过已经存在的颜色用“，“间隔来定义：red_list = dred,red,lred,vlred或者更加方便的是是一个正则表达式。可以排序，如果想反过来那么可以调用 rev 函数，例如如创建一个 9 种颜色的列表：spectral9 = spectral-9-div-(d+)同理如果放过来就是：spectral9r = rev(spectral-9-div-(d+)颜色列表一般被用在热图中： heat maps.染色体颜色框架染色体的颜色同样被定义了，同 UCSC Genome Browser 相对应，这是一个标准，每个颜色都以偶
35、自己特定的颜色（人类染色体）：chr1 = 153,102,0chr2 = 102,102,0chr3 = 153,153,30.chrX = 153,153,153chrY = 204,204,204其他的颜色集合是根据染色体带来定义的：gpos100 = 0,0,0gpos = 0,0,0gpos75 = 130,130,130gpos66 = 160,160,160gpos50 = 200,200,200gpos33 = 210,210,210gpos25 = 200,200,200gvar = 220,220,220gneg = 255,255,255acen = 217,47,39s
36、talk = 100,127,164创建自定义颜色你可以把自己新建的颜色单独放在一个文件中，这样操作修改起来方便些，例如：# in mycolors.confniceblue = 17,111,227# all default color definitions# this will append your definitions to the blockYou can quickly add colors directly# all default color definitions# this will append your definitions to the blockniceblu
37、e2 = 37,101,179字体Circos 使用 CMU Modern 字体。 这都可以在 fonts/中找到并和每个独立的定义相关联。light = fonts/modern/cmunbmr.otf # CMUBright-Romannormal = fonts/modern/cmunbmr.otf # CMUBright-Romandefault = fonts/modern/cmunbmr.otf # CMUBright-Romansemibold = fonts/modern/cmunbsr.otf # CMUBright-Semiboldbold = fonts/modern/c
38、munbbx.otf # CMUBright-Bolditalic = fonts/modern/cmunbmo.otf # CMUBright-Obliquebolditalic = fonts/modern/cmunbxo.otf # CMUBright-BoldObliqueitalicbold = fonts/modern/cmunbxo.otf # CMUBright-BoldOblique想用一个特定的字体作为一个元素，那么在配置文件中指定这个标签（像 normal，bold），默认的字体在这 shown here。如果想添加自己的字体的话，那么你先把下载的字体文件拷入 fonts
39、/中，并在 fonts.conf 中添加对应的新标签。常用字体见 minifonts.c om： andale mono anonymous aurulent sans mono vera sans mono courier dejavu sans mono droid sans mono inconsolata liberation mono lucida console lucida typewriter monofur pragmata profont proggy saxmono the sans mono这些字体在 image 有展示。单位许多定量的东西在配置文件中是需要单位去度量的
40、，以下几种： b (碱基) 表明象形的长度（一般为染色体的碱基数） p (像素) 绝对大小像迹半径，标签大小，字大小等 r (相对) 去定量一个参数相对于另一个参数，有时这比用绝对的像素大小更加直观。例如，标签半径边缘填充是相对于标签宽度和标签角度是相对于标签高度。 u (染色体单位) 特别的相对大小表示象形的大小，对应的变量是chromosomes_unit n (无单位) 对于无单位的变量单位一般是在数字的后缀：# 1 pixel padding 1 个像素padding = 1p # relative padding 相对于标签宽度padding = -0.25r# radius of
41、track 相对于象形内圈的半径r0 = 0.5r# 两者可以组合r1 = 0.5r+200pCircos 为什么坚持使用单位的原因是为了去减少配置文件参数解释时的负担。大量普通的数据值可以使得文件更快的去检查。1.4. 数据文件2D 的迹像绘图()，连接( ) 和 高亮 () 所有需要的额外文件都要这部分内容。数据格式是很简单的，在 Circos 中创建数据是很容易的。根据迹的不同形式，输入数据的格式是有点不同的。文件格式线，散点，直方图，热图Line, scatter, histogram 和 heat map 是基因组位置信息中的 2D 数据#染色体 起始 结束 值 可选项 chr st
42、art end value options磁贴磁贴 tile 定义染色体上的一个区间。它用来显示覆盖率像 reads 或者 clones。#染色体 起始 终止 可选项 chr start end options文本文本 text 关联基因组上任意位置的字符串，典型的是文本标签。#染色体 起始 终止 文本 可选项 chr start end label options如果你想用多个单词作为文本标签，那个用一个 tab 最为分隔符。连接器连接器 connector 在同一个染色体上有两个位置点，用直线连接：#染色体 起始 终止 可选项 chr start end options一个连接器的起始中终
43、止坐标必须在同一个染色体上。连接连接 Links 是将同一个染色体或者不同的染色体的两个区间关联起来，它们可以被绘制成线型或者彩虹状 ribbons.# start of link 连接开始一端#同一个连接的唯一 ID 起始染色体 起始位置 终止位置 可选项UNIQUEID chr start end options# end of link 连接终止一端#同一个连接的唯一 ID 终止染色体 起始位置 终止位置 可选项UNIQUEID chr start end optionsbinlinks, bundlelinks 和 filterlinks 工具 (在 tools/) 可以被用来操作和分
44、析连接。可选项对于在 plots， links，或者 highlights 中一个数据点的任何格式的可选项都可以单独的在输入的数据文件中进行设置。在文件中可选项是是以变量名=变量值的格式设置的：chr start end var1=value1,var2=value2,.对于一些可选项（像 RGB 颜色值）是要用括号括起来的。chr start end color=(R,G,B)文件分隔符默认地，分隔符是空白符。如果要去改变它，你可以在配置文件中去设置 file_delim 变量，在 etc/housekeeping.conf 中设置比较好：# etc/housekeeping.conf.fi
45、le_delim = t如果你想使用多单词文本标签，设置分隔符为 tab 键，在其他文件中（数据文件，或者核型中）也是可以使用的。1.5 文件位置如果你使用的是绝对路径，那么 Circos 就不会去其他地方再搜索了。例如：file = /path/to/file.txt所以如果没有 /path/to/file.txt 这个文件，那么将会发生错误。相反，如果你定义相对路径：file = data/file.txtCircos 会按照下面的顺序对不同路径进行搜索: 所有定义在 data_path 变量中的路径 (see etc/housekeeping.conf) CWD/ CWD/etc CWD
46、/data CWD/ CWD/etc CWD/data CWD/ CWD/etc CWD/data5. PERL 和 模块这里主要是介绍下 Circos 运行所需的一些 perl 模块，在 bin 下面运行./test.modules，缺什么补什么，这里就不仔细讲了。 cd bin ./test.modules1.6 运行参数调整 PERL 二进制文件位置Circos 将使用你环境变量 PATH 中的 perl，如果你使用的是 UNIX，用 which 命令看下 perl在哪 which perl或者用完整路径运行 perl 也行。 cd /path/to/circos-x.xx /usr/l
47、ocal/perl-5.14.0/bin/perl bin/circos -conf .或者把你的 perl 安装路径添加到 PATH 变量中： export PATH=/usr/local/perl-5.14.0/bin:$PATH调整图像输出位置下一班，调整图像输出路径。要这样做，你可以去修改稿中的一些参数： dir = /path/to/your/output/directoryfile = yourimage.png.使用现有的数据示例如果你还没用自己的数据，那么你可以用 Circos 提供的一些例子来运行 Circos cd example# on UNIX systems (for
48、 Windows, see README) ./run# explicitly /bin/circos -conf etc/circos.conf# with more debugging /bin/circos -conf etc/circos.conf -debug_group summary,io,timer# silently /bin/circos -conf etc/circos.conf -silent改变文件输出路径在配置文件中已经修改了文件输出的路径和文件名，也可以在命令行中用参数的形式来设置： bin/circos -conf etc/circos.conf -output
49、dir /path/to/your/output/directory -outputfile yourimage.png其他参数Circos 是通过文本配置文件来控制的。很多参数是可以通过命令行的形式来设置的：文件格式设置： bin/circos -png -svg .设置该显示的染色体 bin/circos -chromosomes “hs1;hs2“在使用可选项时你可以使用缩写。比如 (e.g. -conf or -configfile). # 开关选项image_map_usesilentcdumpdebughelpmanversion#开关选项(e.g. -show_ticks or -noshow_ticks)pngsvgwarningsparanoidshow_tick_labelsshow_ticks# 带参数的可选项debug_groupconfigfileoutpu
