1、分子流行病学与医院感染控制,四川大学华西医院实验医学科 临床微生物实验室,细菌同源性分析研究在感控中的应用,“谁主张，谁举证”,手术伤口感染 ！& ？,导管相关血流感染 ！& ？,呼吸机相关肺炎 ！& ？,证据！,临床微生物实验室,院内感染控制部门,分子流行病学,基 础,方 法,目 的,微生物检验学,临床诊断,基 础,病原学诊断,细菌鉴定,分子流行病学方法 细菌分型,表 型,基因型,菌种、药敏,同源性,耐药性,毒力,生物表型,生物基因型,临床微生物实验室,&,医疗相关感染的病原学 多重耐药菌的出现：MRSA、ESBLs、VRE、XDR-Ab、 XDR-Pa,1、是否所有院内感染都要追查病原体？
2、,2、是否所有的病原体都要检测同源性？,Yes，应尽量寻找病原菌。,No，非常必要时才考虑。,3、病原体同源性分析能提供什么信息？,1. 病原体同源性； 2. 携带特殊基因,道感染UTI的临床诊断,SUTI Symptomatic 有症状的尿道感染ASB Asymptomatic bacteriuria 无症状的尿道感染,urinary tract infection,发烧（fever）体温高于38 尿急（urgency） 尿频（frequency） 小便困难（dysuria） 耻骨上压痛（suprapubic tenderness）,SUTI Symptomatic 有症状的尿道感染,1.U
3、TI症状任1项 and 2.尿培养105/ml and 3.细菌2种,在收集道感染的实验室数据时，需注意：导尿管的尖端培养结果不能作为诊断泌尿道感染的条件。尿培养必须使用适当的无菌技术进行留取，如清洁留取的中段尿液。,2008美国CDC/NHSN医院感染诊断标准,ATCG,大肠埃希菌,金黄色葡萄球菌,ATGCGTT,ATGCGTT,ATGCGTT,GCGAGTA,GCGAGTA,GCGAGTA,大肠埃希菌,限制性核酸内切酶,限制性核酸内切酶,细菌同源性分型基本原理（一）,酶切产物,酶切产物,大肠埃希菌,PCR,PCR,细菌同源性分型基本原理（二）,PCR产物,PCR产物,DNA指纹技术和核酸序
4、列检测是发展较快的前沿技术，对微生物种群分类、基因结构分析、流行病学研究、院内感染控制均具有较高的实用价值。,DNA/RNA、PCR、sequencing ,PFGE、rep-PCR ,细菌同源性研究 分子生物学方法,脉冲场凝胶电泳（PFGE） 多位点序列分析（ MLST ） 多位点重复序列分析（rep-PCR）,Pulsed Field Gel Electrophoresis,A B C D E F G H I,Multi-Locus Sequencing Typing,MLST：选定目的基因组的数个看家基因位点；针对各基因位点设计相应的PCR引物，扩增各目的看家基因片断；扩增产物测定DNA
5、序列；进而给每各基因位点指定相应的等位基因数值；各看家基因位点的等位基因数值共同构成一个等位基因谱，从而命名相应的序列型。,PCR,Sequencing,GCCATGCTTAGAAT,MLST DATABASES,6,2,3,15,2,7,2,Repetitive PCR,细菌基因组中广泛分布的短重复序列（repetitive sequence），它们在菌株、种、属水平上分布有差异及进化过程有相对保守性。 rep-PCR：即细菌基因组重复序列PCR技术；是扩增细菌基因组中广泛分布的短重复序列，通过电泳条带比较分析，揭示基因组间的差异。,DiversiLabSystem BioMerieux,细菌的分子同源性分型方法,选择何种分型方法应首先由研究的目标决定,短期单中心爆发或病人研究 高分辨率的分型方法，如PFGE 收集病例相关的菌株以及与先证者不相关的菌株长期多中心研究 首先进行PFGE分型 选择部分菌株进行MLST/rep-PCR分型 注意收集流行病学资料种群研究 PFGE, MLST, rep-PCR, DNA芯片,感谢聆听！,微生物检验whire沙龙，QQ群号：111340506,
