1、国家科技基础条件平台网络计算应用系统 天文、生物、化学网络计算应用系统 工作文档 编 号 ncap_app_02(chem)_Gromacs 版 本 3.2.1 日 期 2006-6-23 作 者 沈斌 说 明 Gromacs 应用软件文档（计算化学） copyright by Supercomputing Center, Computer NetworkInformation Center, Chinese Academy of Sciences. All Rights Reserved. 版权所有 中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心。 目 录 1. 软件说明 .1 2. 使用说明 .
2、2 3. 算例说明 .4 4. 参 考 文 献及其 他 .4 1. 软件说明 GROMACS是分子力学通用软件包用于模拟含几百到几百万粒子体系的牛顿运动方程。 它特别适用于生物分子， 如蛋白质， 油脂等有大量复杂健作用的体系， 但是由于 GROMACS在计算非键作用 （这占了模拟的主要部分） 时相当快，因此也可广泛应用于非生物 体系，如聚合物。并行性能不如 Namd，但是进程数较少（ 16）时，并行性能也不错。 12. 使用说明 要通过 Ncap 平台进行 Gromcas 的计算，必须首先准备好输入文件，包括 .gro 文件、 .top 文件、 .mdp 文件，还可能需要其它文件如各种 .it
3、p 文件等。 准备好输入文件后，计算通常分为提交作业、查询作业状态两个步骤。 提交作业步骤中，这里的参数设置如下： 参数 含义 设置方法 New Job Name 作业名称， 提交的作业的描述性语言 可根据作业 的具体情况 输入，也可 随意输入一串字符。 Input File（ .mdp） 指定输入 的 .mdp 参数文件 按“浏览”选取事先准备好的输入文件。 Input File（ .gro） 指定输入的 .gro 文件。 .gro 文件记 录的是所研 究体系的每 个原子的位置 Input File（ .top） 指定输入的 .top 文件 .top 文件记 录所研究体 系的原子间 的拓扑结
4、构 Other Inputfile? 添加作业运 行所需的其它参数文件。 通过点击 ADD 按钮， 页面会出现额外的输入文件框， 点击 “浏览” 选择需要的文件。2可以根据需 要添加若干 个额外的隐 含的输入文件。 Ouput File（ *.tpr） 指定输出的 .tpr 文件名 在这里 输入 指定的 输出 的 .tpr 文件 的文件名， .tpr 文件 记录分子动力学计算中所需的所有信息，是二进制文件。 Ouput File（ *.trr） 指定输出文 件的 .trr 文件名 在这里 输入 指定的 输出 的 .trr 文件 的文件名， .trr 文件根据参数要求记录分子动力学计算中所产生的
5、所有轨迹， 是二进制文件。Ouput File（ *.edr） 指定输出文件的 .edr 文件名 在这里 输入 指定的 输出 的 .trr 文件 的文件名， .trr 文件根据参数要求记录分子动力学计算中所产生的所有轨迹， 是二进制文件。Ouput File（ *.log） 指定输出文 件 .log 文件名 此文件记录 运行的进度 ，能量等信 息，可能会有多个 .log 文件。 Other Outpufiles? 其它输出文件 如果用户还 需要其它的 输出文件， 可以在这里指定。 点击 ADD 按 钮 ， 然后在 相应的文本框中输入所需的输出文件的文件名。 Need XTC output 是否
6、需要 .xtc 文件 如果需要输出 .xtc 格式的 轨迹文件， 则程序运行的最后， 会把所得的 .trr 文件转变成 .xtc文件，并且可在输出文件中下载。 Need all result? 询问用户是 否希望下载所有的计算 输出文件以及中间文件？ 如果用户选 择是，则系 统会自动把 计算后得到的所有 的文件，包 括输入文件 ，脚本文件大包成 result.tar.gz， 以供用户下载。 CPUs 作业所需的 CPU 数量 根据计算体系的大小和需要指定， 可在 1256 之间，甚 至更多。 Queues 设置作业的提交队列。 不同的队列对应于不同的计算资源的需求。普通 6 小时以 内的作业提
7、交到QS_Norm 中；两周以内的作业提交到QS_Long 中 ；测试作业（ 15 分钟 以 内完成的） 提交到 QN_Debug 队列中； 超过 13 个CPU 的 6 小 时以内的作业提交到 QN_Norm中；两周以内的超过 13CPU 的作业提交到QL_Norm 中。 可在 作业状态查询 页面查询提交的作业的状态， 如果状态为 Pending， 则说明作业还在等待；如果状态为 Active，说明作业正在处理中；如果状态为 Done，则在后面的结果栏中可以看到作业的输出文件， 其中包含各个输出文件、 std.out、std.err、 result.tar.gz 文件等。输出文件可能根据用户需要指定多个； std.out 和std.err 分别为作业的标准输出和标准错误输出， 如果作业出现异常， 可以通过这3两个文件查看作业异常的原因。 3. 算例说明 这是 Gromacs 程序中自带的一个简单算例之一。 输入文件为： conf.gro， grompp.mdp， topol.top 输出文件有多个， 根据使用的 CPU 的个数不同而不同， 大概如下： topol.tpr，traj.trr， traj.xtc， md0.log， md1.log，等 4. 参考文献及其他 http:/www.gromacs.org/ 4
