在广州地区，番木瓜育苗主要在秋冬进行，要想育出壮苗，关键是做好防寒、防病虫与炼苗工作，并加强肥水管理。一般用塑料营养袋育苗，营养袋的规格为高 20 厘米、宽 15 厘米。营养土的成分是 9 份塘泥、1 份腐熟禽畜粪。充分混合后装入营养袋，每袋放入 2-3 粒番木瓜种子。如果要节省种子，可以先让种子置于 32-35条件下保温保湿，进行催芽处理，发芽后每个营养袋放一粒种子。一般播种不宜太深，播种后覆上一层泥土即可。当瓜苗出土后，可以再覆上一层垃圾及腐熟猪牛粪混合的肥土，并保持土壤湿润，喷 1000 倍托布津或 300 倍胶体硫，每隔 10 天喷一次，共喷 2-3 次，以减少病害的发生。当出现 2-3 片真叶后，适当减少淋水次数，促根深生，每 10 天施 1 次水肥，如腐熟的稀释 10倍的尿水。由于在秋冬进行育苗，所以要做好防寒工作。一般盖塑料薄膜防寒，要求棚内温度不高于 35，不低于 5。白天温度过高时，要掀起薄膜，以便接收阳光和散热降温，晚上盖好薄膜防寒。当幼苗长出 5 片真叶，同时夜温不低于 8时，要注意炼苗，也就是逐渐打开薄膜，少施肥少淋水，这样，使苗木矮壮、根系发达。当苗高达 20 厘米左右，就可以出圃。
