1、 洗根测量分析软件 中文说明书 适用于基本版，标准版，专业版 2010年 8月 1 安装 1.1包装清单和注意事项 WinRHIZO 软件包括以下几项：1)一个或更多的彩色说明书 2)一个 CD-ROM 光盘，包含这 个程序和演示图像(在这个手册最后的袋子里),3)注册信息和隔离板上的最后信息 4）最重要 的是密钥（运行 WinRHIZO 必须） 。 （当您与他们联系时，给我们的技术支持人员这个数字这是非常重要的） 。如果你买了一个 扫描仪，您收到一个 WinRHIZO 光盘名为 Scanner.cal 的校准文件。这个文件是你的扫描仪 和独特的测量精度提高了。该文件将不能与 WinRHIZO
2、 一起更新，因此保持在磁盘里安全 的地方。 1.2密钥 非常重要：不要丢失密钥，它就相当于是第二个许可证。 Regent 仪器程序的复制是不受保护的，可以在密钥安装后 运行。这个程序的复制版本您可以作为自己内部使用，但 是只有一个复制版可以在任何时间下运行。在运行期间， 这个程序也在寻找密钥，如果没有，它将会退出。每一个 密钥上都有标签，显示出驱动的软件版本和你的用户识别 码。 密钥根据您收到的密钥型号，必须连接 在一个平行的打印机端口或者是 USB端 口上。当在图像获取时，当你按了 Acquistion Icon 或者 Image/Acquire Image),你就会看到下面这个错误信息提
3、示“Protection key not found.Please verify its installation”。这说明密钥必须连接在 电脑上，这样才能保证程序继续运行。 如果在连上加密狗后还出现这个错误信 息，那么转到附录 B 或者我们的网址， 寻找解决这个问题的方法。 这种桥型的 Protection Key 在流通 当中是最流 行最常用 的。这种 USB Key 只 是为了在一 般的计算机 上使用而制 造的。 并行端口保护的关 键。 不要连接在 SCSI 端口（通过 SCSI 扫 描使用 1） 。 不要连接 扫描仪的关键的关 键。如果您遇到任何 问题的关键，请尝试 删除任何像一台打
4、印机外设（）连接到 它。 USB 密钥 插在电脑 的 USB 接 口或端口。您必须安装有效的密钥驱动。有一个单独为所有 Windows 操作系统和 Regent 程序设计的 驱动。这个驱动在 WinRHIZO 的光盘文件夹里，叫做密钥驱动。它的安装说明 （Instructions.pdf）在此文件夹中。这个驱动是 WinRHIZO 软件的最新版。如果以后重新安 该程序，并出现问题，从密钥制造商网店下载最新的版本是非常必要的。网点为 www.safenet- 。 1.3WinRHIZO和示例图片 WinRHIZO 软件和厂商名称和版本号在 CD-ROM 光盘上。CD 中有两个文件夹。一个含有 产
5、品名称和程序（WinRHIZO.exe） ， Scanner.cal 校准文件（如果你从 Regent 买了扫描仪）和 它的演示图片。复制这个文件夹到您自己的硬盘，所有这些都会在安装软件或软件升级的时 候用到。如果你在进行升级操作，除了复制这个文件夹，你还要重新复制一下 scanner.cal 文件作为下一部分的拓展。这个 CD 上的第二个文件夹包含了密钥的驱动程序。 1.4SCANNER.CAL校准文件 你应该把 SCANNER.CAL 校准文件保存在安全的地方。当你安装更新和升级时，你应 该复制 scanner.cal到 WinRHIZO 文件夹内。小心，不要更改文件名，否则校准是无效的。
6、 1.5下一步 如果你购买了扫描仪，安装扫描仪和照相机程序。扫描仪驱动是唯一的软件组成部分， 它对于 WinRHIZO 直接从扫描装置获取图像是必须的。 2.介绍 此部分介绍 WinRHIZO 以及如何去分析图像和获得数据。在联系技术支持前请读这部 分。 2.1WinRHIZO 展示 通过双击它的图标 运行 WinRHIZO 软件 几秒钟以后，你会看到“WinRHIZO”的欢迎信息，表明这个版本已经打开。点击“OK” 继续。 “WinRHIZO”主要窗口将被展示，这个窗口不同的区域和它的功能将被描述，在这个 时候，你可能就会认为它们很简单，就像我们提到的按照这个操作一样。 2.1.1主要窗口
7、当 WinRHIZO 启动时，如果安装了兼容的扫描仪 或照相机驱动，选择的资源窗口显示（更多的信息 将在以下的操作中显示） ，这个视窗允许你去选择一 个扫描仪或一个高精度的数码摄像机。通过它来获 得图像。在这个指导中，我们将从硬盘中分析一个 示范图像，因此点击取消键。 获取图像前的 WinRHIZO 界面 分析图像后的 WinRHIZO 界面 WinRHIZO 软件已经运行 这个命令区域是为了接受命令和显示信息。 这个获得图标展示图像来源 （扫描仪 ，照相机或硬盘 ）点击它，从它 代表的资源去获取一个图像 （作为启动 图像/获取） 。 工作模式选择。在 WinRHIZO 改变工 作模式。 图片
8、编辑 交互式测量 自动分析 区域形状选择。 选择分析和不被包含 的区域 长方形 圆 自由形式（套索） 图像选择器是去选择展示的图像 初始图像 像素分类图像 框架图像 色阶图像 一些内容仅仅在分析之后显现。 信息给操作者和部分分析数据。 更多 的数据在 WinRHIZO 的数据文件。 品质的大小在图像上面显示/信息选 择。在小屏幕（640*480）可能有更 大的空间来展示所有的信息。 仅仅当 WinRHIZO在图片选择 模式图片编辑按钮是可见的。 铅笔大小工具 小刷子 中刷子 大刷子 套索工具 铅笔颜色工具 黑色 白色 灰色。通过在图像中 点击转换，灰色能改变成任何 颜色。在放大的因子下面显示
9、选择的颜色。 信息区域显示信息 水平鼠标位置在左上角顶部 垂直鼠标位置在左上角顶部 打开数据文件 Scanner.cal 是目前 Regent 加载扫描校准，如 果你手动加载校准，文件名写在这里。 打开颜色类文件的名字。 如果一个星贴上它， 加载它们后意味着这个类被编辑 显示隐藏按 钮。点击它显 示或隐藏图像 上方的根系分 布图像 点击大 Z 按钮 放大图像。 点击小 z 缩小 图像 放大因 子直接 运行一 个放大 到另一个。 点击按钮从 突然出现的 菜单选择需 要的值。 滚动图像， 你可以点击 滚动条或按下面的按 键：Page Up 或 向上 滚动，Page Down 或 向下滚动，Home
10、 向 左滚动， End 向右滚 动。Ctrl+Page Up， Ctrl+Page Down， Ctrl+ Home，Ctrl+ End 分别 滚动到顶部，底部，左 边，右边 2.12图表区域 图像上的图表区域显示根系分布图表。根长，面积，体积或单位直径根尖，或颜色柱状 图。能被展示取决与备选的展示区域的数据类型。区域显示或隐藏这个图表按钮，在图像区 域的右下角（见前页） 。 当鼠标移动到这个柱状图中的任何柱状，这一类的数据将被显示在这里。 点击显示和 隐藏网格线 点击显示和 隐藏网格线 颜色条的高度表示五种根系测量数据类型。长度， 表面积，投影面积、体积，每种类型包含的根尖数。每 个类型用不
11、同的颜色标记，WinRHIZO 当在图像种画根 系骨架时候，WinRHIZO 用同样的颜色，通过在图像种 指定这个颜色框架，你能决定这根系被分类成哪种周长 分类，注：当上部的边界是空的时候，每个周长等级都 被包含在边界内。 通过点击图表上 这个图标来改变 数据类型 这类是根周长或颜色的功能， 点击水 平轴去改变这个分类。 当周长被改变 时，最右边的类型包含根系的数据。 它们将不会填充左边的类型。注：通 过默认的长度单元（厘米） ，周长单 元（毫米） ，如果你改动了长度单位， 则周长单位将是它的十分之一。 竖轴的尺度或这个方格的建立，点击水 平尺度。 去修改 轴的值 的范围， 点击手 动然后 输
12、入新 的低和 高的界 限 去改变方格大和小的分布输入新值。大 的分布用连续线，而小的分布用点线。 点击显示和 隐藏网格线 修改图像的垂直 大小。点击双箭 头。直到图表的高 度为需要的值 相同的宽度等级： 每个类有一样的 宽度，输入类的数 目和宽度 玻姆分类：它有 6 个不相等 的宽度类（0.5mm 和2mm 和 5mm和10mm和20mm） 可变的宽度类：多达 6 个习惯的类。它们 可以是任何宽度，可以是相等的或不相等 的。点击设置宽度，输入类边界 颜色类： （专业）当分类方法激活时， WinRHIZO 显示每个类的数据类型。图表 中的每个类和名字用类的颜色显示 颜色群： （专业）当分类方法激
13、活时， WinRHIZO 显示每个群的数据类型。图表中 的每个群和名字用群的颜色显示 2.2分析一个示例图像 这段是如何去用 WinRHIZO 的介绍没有图像获取是为了便于学习。 2.2.1图像采集 WinRHIZO 软件分析过程通过点击 Acquisition icon 按钮进行，或者激活图像。 WinRHIZO 会显示出一个标准窗口去 打开一个文件。按一下选择在 TIFF 文 件（TIFF 是存储在文件中图像的格式 的名称） ，然后点击 OPEN。两个图像 中包含 WinRHIZO 称为 WinRHIZO 演 示图像形态的文件夹。Rhiz200.tif是 一个简单的根和 Root.tif是
14、一个更复杂 的根系。专业版提供带有颜色和拓扑分 析 附加的图像。 注：WinRHIZO 只能加载 tif，jpeg，bmp 文件的三种类型图像。 每个像素 1 位黑白图像。每个像素 8 位灰度图像。每个像素 24 位彩色图像。每个像素 10-16 位必须转换成每个像素每个颜色通道 8 位才能被分析。对于 jpeg 图像文件格式： WinRHIZO可以分析保存为 tiff和 jpeg格式的图像。 Jpeg对于科学图像分析不是一个好格式。 它取决于图像如何被压缩。图像用有损耗的运算法则压缩随后打开分析，图像与压缩前是不 一样的。它的内容通过压缩过程改变。用修改的图像进行测量，精度下降。强烈的推荐没
15、有 压缩的 tiff文件格式。WinRHIZO 仅用 tiff格式保存图像。 当您单击打开， WinRHIZO 加载图像，显示在图像领域，并作出了暂停。这使您可以核 对，编辑图像的内容，或选择地区分析。在此期间，它显示在命令区中指示，它正等着你点 击或进行图像选择去启动分析过程。建议您看图像的过程中，核实根系截去顶端或末端，而 且图像不包含碎片或不想要的物体如托盘边缘。 2.2.2分析区的创建 加载图像后，WinRHIZO 处于分析区域模式 ，用于创建或修改分析区，它是图像的 部分 ( 或全部)。 注：在你分析完之后，无论在什么时间你改变一个类或类 的数目， WinRHIZO 将问你是否更新分
16、析。如果你点击否， 图表将更新但是图像中框架的颜色将不会。 如果你点击是， 图像也会更新。 点击文件名去打开 WinRHIZO 默认的 文件类型是 TIF 文 件。你可以通过点击 这个窗口改变可见 的文件类型和选择 所要的文件类型。 默认 的放 大一 倍的 图像 用滚动 条 （或鼠 标） 改变 图像的 可见部 分。 1） 如果点击图像 ，WinRHIZO 创建一个分析区域，它包含整个图像。拖动的绿色长方形 显示分析区的边界。 注 1 ： 分析整个图像，最重要的是点击和松开鼠标按钮而不是移动鼠标。 注 2 ： 如果在命令区中选择圆形选区工具，你不能分析整个图像。 请确保选中矩形或自由 形式 (
17、套索) 选择器。 2） 如果您点击该图像，按住鼠标按钮并拖动鼠标 （建立一个图像选区)，WinRHIZO 将 创建一个包含仅在选定区的区域。这种方式创建的分析区有不同的形状。选区周围出现的绿 色的矩形显示了分析的区域边界。 鼠标单击或选择后, WinRHIZO 显示样本标记窗口用来输入样品的信息。您输入样本信 息并如下一节中所述那样单击确定，分析的区域就会被分析。 2.2.3 样品识别 建立分析区域后，显示样品识别窗口，你可以输入标记信息和点击好去继续分析或取 消去停止它（如果点击取消，在进行下一步之前你不得不加载另一个图像或激活重新开始分 析） 。你输入的信息保存成测量数据。 2.2.4分析
18、 在样品标记窗口点击好之后，WinRHIZO 开始分析和显示一个 进展条，估计剩余的分析时间。通过按键盘上的 S键，分析会停止。 分析结束后，它试图去保存数据，但是认识到没有打开的数据文件。 它显示一个窗口，提示你保存数据。根据这个向导，点击新建和输入文件名（txt格式） 。 样品标 记窗口 显示在 图像前 面 输入 样 分析的土壤体积是可选择的。你输 入的值通过 WinRHIZO 来计算单 位立方米总根体积。你必须记录样 品来源的体积并输入它的值。 点击 Open one 去添加测量到一个存在的文件。 如果你不想保存任何测量，点击 Save nothing。 点击 Create one 去建
19、一个新的文件，在里面保 存数据。 注：从 Excel打开一个 WinRHIZO 数据文件见附录 A 如果你点击 Create 或 Open，WinRHIZO 将提交 保存窗口去选择文件或输 入文件名，然后打开和在 里面保存数据 当打开 数据文 件时， 它 的名字 显示在 图像上 方的信 息区域。你现在可以看见图像上面的根系分布图表和图像上面的根系骨架， 它指示根系各个部位 被测量和它们所属的直径类型。 2.25分析数据 2.2.5.1数据和命令区信息 命令区被用来显示根系的摘要信息和给操作者的一些指导。更多的数据和信息在 WinRHIZO 的数据文件中。如果信息是不可见的或显示没有足够的信息，
20、努力去增加 WinRHIZO 主要窗口垂直尺度的大小或窗口控制面板的屏幕分辨率。 你也能改变文档大小和 在 Display/Information In Command Area命令区选择显示的内容 缩写 测量参数 L 总根长 L T - L T e nn ant统计方法和 WinRHIZO 非统计方法差异的百分比 =100*(Rhizo-Tennant)/ Tennant S A 总根表面积 P A 总根投影面积 V 总根体积 AD 根平均直径 n Li nks 连接数 V S 土壤体积 N T ips 总根尖数(活+死+老) F or ks 分枝数 Cr oss 交叉数 D iam m m
21、 点击位置的根直径 Link # 鼠标点击区域最近的连接数 L 连接平均直径 SA 连接表面积 A ngle 分枝角度 Mag 外部连接数 A lt 内部连接数 O r der 连接次序 Dim 分形维数 画在根上面的骨架的 颜色与根的直径相关。 它表明根直径所分类 的类别。相同的颜色 被用来画在骨架上和在 根系分布图表上相关联 的直径类别。 如果在根系骨架上点击，点击的地方区域的直径 出现在命令区。如果链接显示代替骨架，链接分析信息 2.2.5.2分析和它的数据保存在哪里，什么时候保存 分析数据，为了它的整体性，它们保存在 WinRHIZO 创建或打开的一个文件中，仅在 分析结束后查看。通过
22、 WinRHIZO，分析结束后数据自动保存。软件程序如 Excel 被用来查 看数据。学习如何从 Excel 打开 WinRHIZO 数据文件，参考附录 A。 2.2.5.3你能选择什么数据保存在数据文件里 用数据/数据保存选项（Data/Data Save Options） ，你能选择那些数据保存在 WinRHIZO 数据文件里。关于这些文件格式更多的细节见附录 A。如果没有选项被选择，仅有关于分析 的整体数据被保存。数据文件包含每个分析区域的整体数据行。假如数据/数据保存选项 Data/Data Save Options是活动的，一个或多个数据行也被保存。这些数据行包括形态测量基 准而不仅
23、仅是分析区域基准。由于它们可以产生了多条明显的数据行，如果你需要它们生成 的信息，我们建议你只有激活选项。 2.2.5.4数据形象化和分析 当到达可视化和 WinRHIZO 产生分析数据时， XL RHizo 极受欢迎。 它是一个设计在 Excel 中运行的应用程序。 它提供绘图式的熟练操作， 重组和显示测量数据。 过去几年， WinRHIZO 的数据文件格式改进以便适应新的测量。格式的一些改进可能影响 XL RHizo 分析在此类文 件中数据的能力，而另外一些可能没有影响。当你打开一个 XL RHizo 之后的 WinRHIZO 版 本创建的数据文件时，显示警告信息，这个信息建议你去网点核实
24、兼容性： 2.2.6分析另一个图像 分析结束后，点击获取图标the Acquisition icon（or activating Image/Acquire image） 分析下一个图像。如果你做相同的分析，前面的分析过程将重新运行，除了时间数据保存在 前面打开的文件（如果你不关闭打开的文件，WinRHIZO 不会询问另外一个文件） 。第二次 分析和打开或新建另外一个文件前， 请到在另外一个文件种保存数据， 关闭打开的数据文件。 这段所描述的分析循环即交互式。同时 WinRHIZO 获取和分析一组图像也是可能的。在用 组分析之前，我们建议你非常熟悉 WinRHIZO。你分析图像但是不想在打开
25、的数据文件中保 存测量，可以在激活/取消分析中点击。这将删去图像上现在的分析和从数据文件中移去相 关的保 存数据。从新分析图像激活分析/从新开始分析。 2.3分析和排除区域 区域被用来分析整个图像，它的特殊部位或排除分析图像的一部分。测量总是伴随着分 析区。对于每个分析区，整个数据行被保存。 这段给了区域的概述，下一段解释如何去创建，操作和修改他们。 区域有以下形状：1-）长方形，2-）圆 3-）不规则形状。下面给了一些例子。 2.3.1建立区域 当 WinRHIZO 在自动分析模式时，分析和排除区能创建不同时刻的分析（ ） 。 WinRHIZO 自动进入这个模式：1-）获取图像之后 2-）激
26、活分析/取消分析或分析/重新启动 分析后 3-）当它启动时。在你激活区域定义排除区（Regions/Refine an Exclusion Region）之 后，一个排除区可能被建立。下面三段描述了如何去建立不同形状的区域。 2.3.1.1长方形图像区 1. 在命令区点击长方形区域形状选择器 2.安放鼠标确定长方形的边 3.点击和压住鼠标按钮 4.向对角线相反的方向拖动鼠标 5.松开鼠标按钮 2.3.1.2圆形图像区 长方形分析 区，仅在绿 色长方形内 的物体被分 析 不规则形状排 除区，物体在 里面不被分析 长方形分析区的图像和在 主根周围的排除区 一个圆 形分析 区去测 量圆形 容器里 叶
27、状盘 的面积 圆形分析区必须避免叶面 积包含比较暗的盘区 一个圆形分析区 可以用来分析培 养皿里的物体， 这个形状需要去 避免皿的边 因为示例的目 的，圆形排除区 已完成，在区域 里的物体不被分 析 不规则形状分析区可能被用来分 别分析互相紧密接近的物体 1-）在命令区点击 圆形形状选择器 2-）安放鼠标确定 圆的中心 3-）点击和压住鼠 标按钮 4-）按键盘上下箭 头调整圆的边界， 直到它到需要的 周长，或拖动去改 变圆的位置 2.3.1.3自由形状图像区 1.在命令区点击自由形状套索选择器 2.安放鼠标确定长方形的边 3.移动鼠标勾勒鼠标的边界好像你画它 5.松开鼠标按钮。在上面放开，Wi
28、nRHIZO 在第一点和最后一点关闭区域边界。 2.3.2区域一定不要重叠 分析的选区一定不要重叠。重叠的定义是取决于根据区域形状。长方形选区一定不要接 触或互相交叉。圆或自由形式区域的框架可以和其它的框架重叠，但是在区域边界既不和框 架也不和象下面描述的相连的区域的边界重叠。去看区域的框架，把注意力转向 Regions frame in display/information over image。 操作者在这里点击 鼠标开始这个区 然后在幼苗周围移动鼠标 当放开鼠标按钮， WinRHIZO 闭合了区 区域框架 区域边界 情况允许：一个区的框架插入 到另一个区的框架 区域框架 区域边界 情况
29、允许：一个区 的框架插入到另 一个区的框架 情况不允许：一个区的边界插 入到另一个区的框架 情况不允许：一个 区的边界插入到 另一个区的框架 2.3.3活动区的概念 当多个区存在于同一个图像，其中一个是活动区。活动区的框架用连续的绿线标记， 不活跃区的边界用带点的绿线标记。激活一个区，点击它或按 tab 键激活它随后他们按 顺序被建立（这个工作仅仅是 WinRHIZO 处于自动测量模式） 。 2.2.4区域调整大小 一个活动分析区在创建后会被调整大小。 2.3.5区域保存和重新选定 多个区域定义在图像中，作为一套分析区保存在 WinRHIZO 配置文件中。这些区域可能 被重新找回，用来分析不同
30、图像中相同的区域。 2.4用来分析的内部的图像 在区域的边界上移动 鼠标直到指针变成双 点击鼠标，压住按钮，移 动鼠标到需要的位置，松开它。 区域被从新测量 2.5工作模式 W in RH I Z O有三种工作模式： 1.）图片编辑 2.)交互式测量 3.)分析。这些模式，如下所述， 通过在命令区点击它相应的工作模式( ) 选择器激活。 2.5.1交互式测量模式 1-)初始图像： 图像来 源于扫描仪，照相 机，或磁盘，它显示 是默认的。它由 2 或 256 灰度水平构成 （1 或 8 位/像素） 或成千 上万的颜色。它包含 根和背景的复制。下 面的图像来源于通 过图像工序的图像。 2-)像元分
31、类图像：图像有两种颜 色，黑点是根系，白点是背景。 它表明像素分成两种群体的结 果。通过选择显示像素分类和初 始图像，你可以证实分类是否正 确。图像用来分析根系形态。 3-)分析图像：图像显示根系骨架 和指示哪些根被测量。颜色标示 根直径分级。 4-)彩色图像(专业版)：进行色彩分析时，图像被建立。在色彩分类过程中，它显示像 素点如何被分类。 在命令区显 示初始图像 在点击初始 图像选择器 显示像素 点分类图 像在命令 区点击像 素点分类 图像选择 器。 点击它 显示初始 图像 显示彩 色图像 在命令 区点击 色阶图 像选择 器。 点击 它显示 通过关闭 颜色 1 显 示群， 你套 牢颜色分
32、类或颜色 组图像 交互式测量模式是为了通过 WinRHIZO 改进连接高级分析模式。去激活这个模式，在 命令区点击它的工作模式选择器 2.5.2自动分析模式 去分析一个图像或创建一个分析区这个模式一定要是活动的。WinRHIZO 自动进入这 个模式 1-)获取图像后 2-)激活分析/取消分析或分析/重新分析之后 3-)当它启动时。 手动进入 分析模式，在命令区点击分析模式图标 。 2.5.3图像编辑模式 图像编辑模式允许你去改进图片内容或增加根系去分析。 通过在命令区点击它的工作模 式激活。 2.5.3.1分析前的图像编辑 分析之前图像编辑已完成。调整初始图像会影响进一步的分析(形态，连接，分
33、形，根尖 数，分枝数，交叉数 )。这是因为所有用 WinRHIZO 分析的图像来源于初始图像。下面 的例子我们解释如何去移动与根系接触的种子。种子将被背景颜色所替代。 1.) 首先你必须选择你想编辑的颜色 WinRHIZO 里面有三种预置的颜色，你 也可以定义自己的颜色。WinRHIZO 处于 图像编辑模式时，命令区铅笔颜色工具是可 见的。他们允许去选择颜色，图像编译将进 行。编辑的像素被这个颜色替代。 黑色。点击它选择全黑 白色。点击它选择全白 灰色。点击它选择中灰 预置的白色比背景亮，对它 的编辑容易看到。然而，用 白色或黑色编辑图像对分析 有负面的影响。因为它的存 在，WinRHIZO
34、很难区分根 和背景像素点。这样做，许 多根可能在分析中丢失。 我们强烈的建议用图像中当前的颜 色进行编辑。分析结果会更精确。 选择图像的背景色，用灰色铅 笔工具。压 shift 键，在你需要 的颜色区点击背景。颜色出现 在命令区的左下角。用这个颜 色区编辑图像。 移动种子 选择的颜色在命 令区左下角。点击 它选择自定义颜 色 图像用 当前背 景颜色 编辑 2.5.3.2分析后的图像编辑 图像编辑完成，这个更改仅对形态分析已完成，但它不会影响其它分析(链接，拓扑， 分形分析，根尖数，分枝数，交叉口)。在下面的例子中我们手动添加根到分析中。 2.)通过用圆刷子或一个套索工具在图像上画来实现图像编辑
35、。 首先你必须点击命 令区三个大小铅笔 选择器中的一个。 在图像上去画，移 动鼠标到你想编 辑的地方，点击鼠 标，按住按钮。当 你移动鼠标，刷子 覆盖的像素点被 选择的颜色填充。 当所有你希望更 改的像素改变时 松开鼠标。 刷子对于重接一个 破碎的根系或移动 孤立的颗粒或散落 的碎片是理想的 用套索去画，你首先 在命令区点击它的 图标( )。 通过画出 区域的轮廓来编辑 图像。 移动鼠标到区域的 末端，点击鼠标按钮 按住它，拖动鼠标包 围你希望更改的区 域。 当你松动按钮时，区 域被选择的颜色填 充。 在这个例子 中，操作者 用套索去移 动三个种 子。 1)分析后的图像 有失掉的根 2)点击图
36、像编 辑工作模式选 WinRHIZO 显示铅笔 大小和色彩选择器 3)分析仅仅用刷 子不是套索工具 工作后的图像编 辑 去选择一个刷子，你必须点击命令区三种大小的刷子 中的一个，不像分析前的图像编辑，你选择的大小无 所谓。因为根被增加到下面所选择的直径类中。 通过点击它的图标在命令区选择灰色笔颜色工 鼠标指针变成圆 4)选择灰色工具。它允许你选择颜色去编辑 5)选择所增加的直径类别。通过默认的第一类被选，点击根 系分布表相应的柱子。操作者选择的第三直径类别用绿色代 表。下面的步骤用默认的红色完成。 7)在图像上画根段， 它不会增加分析数据直到你点击 主窗口的任意地方。在这段时间中，通过激活 D
37、isplay/undo Edition， 松开画笔。 一旦你点击主窗口， 分析更新。从那一刻，画笔不能使用。你可以看到图 象上面的图表和命令区摘要信息改变。 6)移动鼠标到你想编辑的地方，点击鼠标，按住按钮，当鼠标移动到丢失的根上面时， 像素被带颜色刷子覆盖掉。当根段完全覆盖时松开鼠标。 2.6从分析中重新揭示消失的根系 分析的第一步，像素点分成根和背景是不完美的。有时根像元甚至被分成背景。一些根 系，通常是细的或白色的，容易从根系中消失。当根骨架显示在图像上，消失的根在上面没 有骨架。这里有不同的方法去降低和减少消失根。 2.7校准 默认的 WinRHIZO 校准是分析扫描的根系。如果你选择
38、分析照相机获取的图像，你必 须改变校准方法。 2.8 避免分析中失掉的根系 Regent 仪器公司建议你先用自动开始分析你的样品。如果太多的根从根系中丢失，分 析之后通过根系骨架显示骨架缺失，你可能试下面解决方法中的一种。 1-)用“适当的白根”选择。当选择激活，WinRHIZO 经常发现最白的根。小心的用它象和 它非常接近的根系可以合并。这种选择增加了 40%的分析时间。虽然它适用于白根，这个 选择也运用于不太浓密的黑根。 2-)试着用手动方法 3-)用 TWAIN扫描仪界面增加图像对照。见扫描仪安装和利用手册或你的扫描仪操作手册。 扫描新的图像之前，首先你一定要在图像/获取参数，打开 us
39、e TWAIN intereface。 4-)增加扫描 dpi。如果你的样品仅包含非常细的根系（1mm）然后你试 600dpi 到 800dpi。 这也增加分析时间。如果你的扫描仪有好的合适的质量，增加 dpi 产生好的结果。 5-)着色根系。这个方法是非常有效的，但是需要一个额外的操作步骤。见下面的网页，参 考有根系染色和 WinRHIZO 经验的使用者。分析的初始图像 手动阈值转换法 1-)进行分析/像元分类 2-)点击这个按钮 3-)指定这个阙值 a.进入 0-255 数值 b.点击水平条去增加或降 低 4-)点击按钮确认结果。当 你点击它，背景图像用现 在的值色调分离 在分析完之后手动
40、也可以指定 108 阙值太低，许多 根丢失。 108 阙值太低，许多 根丢失。 165 阙值是这个图像 的最好选择。 205 阙值太高，许 多根被合并。 6-)试着在对比背景颜色扫描根系（向 Regent 配置系统）打开和以色彩为基础。这将产生大 的图片，需要大量的分析时间。 7-)通过手动编辑增加根系。 8-)你也可以重新分析受影响的图像区，如下图。 你也可以试阙值来修建你的扫描软件或硬件。用黑白模式扫描图像时，在灰度水平上图 像每个像素一个字节代替 8 个，24 是为了颜色图像。取决于阈值转换算法的质量，你可能 得到好，坏或相似的结果。 8-)像元分类。分析后它允许你去修改整个图像或区域
41、的像素点。 没有大 （黑） 根在这个区的前提下， 重先揭示细 （白） 根产生好的结果。 在上面没有骨架 的根系没有完成 分析。你可以重先 分析图像区去揭 示错过的根。 重先分析图像区，压 alt 键，在丢失的部位创 建区域。仅仅长方形选择器支持重新分析。如 果没有大的根包含在选择中，重新分析会产生 好的结果。 如果分析之后选择区还有丢失 根，当显示重先分析区时，按 住 Ctrl，然后+键，增加分析的 灵敏度。相反，根直径超过估 计值， 通过按住 Ctrl 和+键则不 太灵敏。任何时间，你压这些 键，区域重先分析。你可以继 续分析区域直到你满意分析结 果。 一个重复后的重 分析界面 三个重复后的
42、重 分析界面 3 获取和分析你的图像 分析来源于扫描仪或照相机的图像，除了图像获取步骤外，图像演示与前一 张相同。 3.1扫描仪校准 Regent 出售的扫描仪以精确的规定和差异来校准，保存在叫做 Scanner.cal 校准文件中。 它增加测量精确性。确信这个文件被安装。弄清楚用这个文件时，为什么测量精确度增加。 如果你直接在扫描玻璃上分析扫描的根系， 你可以用名为 Intrinsic 的默认校准方法分析 去他们。如果你分析根系图片和图像来源于照相机，你必须选择其它校准方法叫做已知尺度 的物体校准方法。 3.2启动 WinRHIZO 和选择 TWAIN资源 通过双击它的图标 启动 WinRH
43、IZO 如果扫描仪(TWAIN)安装在你的电脑，选择资源窗口将显现。 选择与你的扫描仪相关资源名，点击 选择。这个名字能在这个扫描仪操作 手册中找到和在 REGENT 的操作中 运行你的扫描仪。我们的手册解释了不 同的扫描方式和在扫描根系和 REGENT 程序有关的生物样本中如何去优化你 的扫描仪设置。 当扫描仪或照相机在运行的时候，正确地安装和选择一个 TWAIN资源，WinRHIZO 选 择它开始，把它作为一个图片的起源，在获取图标 这里点击扫描仪替代磁盘。当连接 上扫描仪的时候点击这个图标，将开始图像获取过程，而不是先前所述的图像加载过程。你 可以手动建立这个来源，对于扫描仪或照相机在图
44、片来源中的设立。 3.3根系扫描 3.3.1需要一个对比背景 为了产生一个精确的测量效果， WinRHIZO 需要根系背着一个对比背景被扫描。如何去 获取和去改进你的效率的详细说明提供在 REGENTSTD扫描安装和应用 REGENT产品说明 书中，它们包含着整个系统。如果你没有收到这个手册，你可以向卖给你扫描仪或教你做实 验的人那里获得建议。黑根经常在白色背景下扫描，而白根经常在黑色背景下扫描，它们也 在白色或有颜色的背景下扫描。如果你的扫描仪有两个光系统，你可以努力去决定哪一个提 供最完美的对照，你不得不决定你是否要用有颜色的扫描，虽然所有的版本都能够在有颜色 下扫描，WinRHIZO 专
45、业版能从背景中分辨根系（像元分类） ，在分析过程的开始，其它的 版本能转换色彩图像到这个灰度水平相当的图像，对于操作者是不可见的。因此用颜色扫描 不能得到差异，一旦你发现一个好的方案或在这个实验过程中，在分析/像元分类中指出 WinRHIZO 如何去分辨像素从而从背景中区分根系是非常重要的。 你可以指出两种群体相对 灰的水平，或者是颜色被用来作为分离标准而不是灰度水平。你可以扫描每一个图像的许多 根系，这个图像越大，这个根系越多，这个分析越慢。图片的数目和每个图像在给定的时间 内的分析的根系数量与这个图像的数目是平衡的。 3.3.2明确确定扫描参数 一旦你选择了一个合适的视觉方案，你必须选择扫
46、描界面，这个扫描界面决定你如何进 入这个图像规格，WinRHIZO 有俩种界面/这两种界面，它们能在图像/获取参数中选择。 通过默认，如果你从 Regent 购买扫描仪，一个简单界面被选择。这个界面适合于简单 化而不是复杂化。手动选择它，在图像/获取参数中使用 TWAIN界面不活跃化。当扫描方法 这个清单显示这个兼 容的 TWAIN扫描仪和 照相机安装在你的电脑 中。在这里，每个资源 都是来源于扫描仪和照 相机。 被选择时，一旦在“图像/获取参数”中建立扫描参数，每个扫描前没有窗口提示你建立扫 描参数。任何时间你点击获取图标去获取图像时，扫描面积，图像分辨率，图像类型和输入 进“图像/获取参数
47、”其它参数都会被使用。相似的样品被放置在扫描仪同一位置重复扫描， 这种方法被初学者喜欢。Regent 伴随你的完整的扫描仪配置系统使这个工作非常容易。 第二界面是标准 TWAIN 扫描仪操作界面。在图像/获取参数， “使用 TWAIN 界面”处 于活跃状态，它能使用。当你选择那个选项，每个扫描之后扫描操作界面将会显示。它允许 你为每个扫描建立图像参数。 那个界面给了你更多的选择， 它对于新手是困难的。 另一方面， 它允许你最优化图像对照和品质。如果你选择用那个界面工作，弄清你扫描的图像是 3.2 段 所描述和支持的三种图像类型中的一种。 3.3.3什么时候准备扫描 当样本准备就绪，通过点击获取
48、图标或激活图像/获取图像开始分析循环。输入图像标识 信息，点击好。等待扫描仪完成，图像将会显示在 WinRHIZO 主窗口，然后象前段你所做 的那样分析图像。 4颜色分析 这段解释原因和如何用 WinRHIZO 专业版去做颜色分析 4.1颜色分析的目的 在 WinRHIZO 中，颜色分析被用有两种原因；1）从某一类图像中去得到一个更精确 的像元分类 2）基于颜色去区分和分类物体或物体的一部分，用颜色的功能来获得测量。这 段用一些例子解释了在 WinRHIZO 中这些颜色分析是如何实现的。 4.2颜色分析如何运行 颜色分析的开始，图像的颜色被分成你选择的类，他们在电脑屏幕上可见的。为了发现 和确定这个颜色的数量，你一定要定义颜色类和群。通过例子的运用，在下面一段说明这个 过程。请参考 REGENT 附加扫描仪操作手册（STD1600，LC4500 扫描仪安装和使用） ，去 熟悉你的扫描仪光系统和颜色分析扫描方法(背景放置在样品的后面)。 4.3颜色分析的前提 为了去做颜色分析，你的图像必须符合下面的要求： 图像必须是 24 位 RGB(红，绿，蓝)颜色格式（每个颜色通道每个像元 8 位） ，储存在 tiff 或 jpeg 文件中。在 Adobe Photoshop 程序中，这些图像指在图像/样式菜单作一个 RGB 颜色。30 到 48
