1、1,6课 PubMed生物医学数据库,内容见教材10章1节（P98） 目的与要求： 了解PubMed的特点，掌握使用该数据库进行课题检索的基本途径与方法。 本课内容安排有实习，要求掌握本工具的检索途径与方法。 教学重、难点： 利用PubMed可检索哪些数据资源。 自动词语匹配转换功能； 主题词/副主题词检索； Limits、Details的功能与特点。Advanced Search的布尔逻辑运算与检索史功能。 Clinical queries（临床咨询）可用来查找哪些医学问题。,2,教学内容：,6.1 Pubmed简介 6.2 通过PubMed可检索到的信息 6.3 PubMed检索界面的结构
2、 6.4 PubMed的检索 6.5 检索结果显示及下载 6.6 My NCBI,3,6.1 PubMed简介,PUBMED是美国国立图书馆（NLM）所属国家生物技术信息中心（NCBI）建立的生物医学文献检索系统（1997年免费开放），是NCBI开发的Entrez检索系统重要组成部分。IM MEDLINE PubMed (手工检索) (联机检索、光盘检索) (网络检索)特点：信息资源丰富、质量高、更新及时、检索方式灵活多样、链接功能强大、使用免费等。,4,6.2 通过PubMed可检索信息,6.2.1 Medline6.2.2 PreMedline6.2.3 出版商提供的书目信息6.2.4 N
3、CBI其它数据库的相关记录,5,6.2.1 MEDLINE：,美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库。 收录1966年以来70多个国家近4800种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。 包括三个重要索引：医学索引、牙科文献索引和国际护理索引。 每条记录均带有PubMed-Indexed for MEDLINE标志。,6,6.2.2 PreMedline,未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个前期临时库，可检索。“PubMed计划”：出版商在期刊出版之前或同时，将期刊论文题录提供给PubMed，每天NLM把最新记录加入到PreMedline库。 工作人员一周
4、内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。 带有PubMed-in Process标志。,7,6.2.3 出版商提供的书目信息：,出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做PubMed-as supplied by publisher的标记。 出版商提供的记录若有全文，PubMed则建立了与此期刊节点的链接，可免费或交一定的费用直接联机获取原文 。,8,图1,9,6.2.4 从PubMed界面进入NCBI其他数据库,10,NCBI数据库,PubMed：在主页上提供与NCBI的7个数据库建立了超链接： Nucl
5、eotide：DNA序列数据库。 Protein：氨基酸（蛋白质）序列数据库。 Genome：基因组序列数据库，提供所有基因与染色体纪录与图片的查询服务，这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。 Structure：分子结构模型数据库，这个数据库保存的是由X线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子结构。 Popset：种群、种系发生或突变序列数据库，是由相关种族、人类发展、突变研究得来的人类进化与人种差异的结果。Taxonomy：生物分类数据库 OMIM：人类孟德尔遗传学联机数据库。 Books：相关图书，可链接到相关参考书籍的文摘页。,11,All Database跨库检索
6、,12,Pre-Medline,Medline,New Data,Collect,PubMed,Process,检索,出版商提供 书目信息,PubMed可检信息示意图,NCBI其它数据库,13,PUBMED进入方式,www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed www.pubmed.org 或用搜索引擎搜“PubMed”地址。,14,6.3 PubMed检索界面的结构,数据库选择,限制检索,检索词输入框,高级检索,使用说明,PubMed工具（含文献匹配器、临床查询、特定主题查询）,更多资源（含主题词检索、期刊检索等）,注册用户,15,6.4 PubMed的检索,6.4.1 基本检索
7、 6.4.2 PubMed检索辅助工具 Limits （限定功能） Preview/Index（预览/索引） History（检索史） Clipboard（剪贴板或文件夹） Details（明细栏） 6.4.3 主题词/副主题词检索 6.4.4 其他检索,一框五键,16,6.4.1 基本检索,系统默认检索界面。可在检索词输入框中输入任意有实义的词，如：单词或词组（含主题词）、人名、刊名、截词形式、逻辑运算式，等等。 输入完成后，点Search或回车可直接显示相关结果题录。,17,词汇自动匹配转换 MeSH词转换表 期刊名称转换表 短语转换表 作者索引 “单个词”间AND 联接,一. 词语检索,
8、UMLS （一体化医学语言系统）以概念表达为基础，将40多种生物医学词典、词表和分类词表中的词汇指引向MeSH中的意义相同或相近的规范主题词。有主题词表的检索工具，最好的检索结果要在主题词检索基础上得来。,基本检索输入“leukemia”后实际被转换成： “leukaemia“All Fields OR “leukemia“MeSH Terms OR “leukemia“All Fields,18,基本检索的词汇自动匹配转换,例：检索幽门螺旋杆菌（helicobacter pylori)致胃癌(gastric cancer)的文献。基本检索的优点：提高查全率，涵盖最新文献。,19,强制短语检索
9、,PubMed首先将键入的检索词（如：gastric cancer或 diabetes mellitus ）视为合理的短语在短语索引中进行查找，并自动把两个词分开以“逻辑与”组配检索。用“”进行强制词组检索（系统的处理有歧义）： 增加了关系不大的文献（如“gastric cancer” ） 分开后意义有变化（如 “single cell” ）注意：强制短语检索时，PubMed将不执行自动词语匹配功能。,20,PubMed的基本检索,二. 期刊检索在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol boil
10、 cell， 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）进行检索，如1059-1524。 Cell transplantation ta,21,PubMed的基本检索,三. 作者检索在基本检索状态： 框内按照“姓+名缩写”的格式(不用标点) 键入作者姓名，如“Smith j”，系统会自动查找“Smith JH”，“Smith JW”等作者姓名形式的文献。 如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名引起来，再加au，如“smith j”au,22,PubMed的基本检索,四. 截词检索截词符“*”、“？” 截词功能可扩充检索词以检出更多的相关文献。 如：bacter*，可以检出bacter, b
11、acteria, bacterium, bacteriophage等词。,23,提示信息,PubMed的截词检索： 一次最多可以检索出600个词形变异词。若超过600个如tox*，将显示警告信息，提醒增加词根长度。,24,6.4.2 PubMed检索辅助工具,一. Details： 显示转换后的检索策略（下有结果数）。可直接在检索框中修改检索策略，点击Search按键即重新执行检索。,25,在检索结果页面右下可直接查看Details，或点击“See more”查看实际执行的检索策略全部信息及转换内容。,26,自动匹配转换后的检索策略及翻译细节,例：检索幽门螺旋杆菌（helicobacter p
12、ylori)致胃癌(gastric cancer)的文献。基本检索的优点：提高查全率，涵盖最新文献。,27,未修改前检索结果为5632篇,通过修改Details，从基本检索界面进行规范主题词的检索,28,6.4.2 PubMed检索辅助工具,二. Limits（限定功能）: 对检索词的限定和修饰，能同时进行多种条件限制，限定检索结果的范围。 可有效地控制文献的检出量，并提高查准率。,早期形式,现在的进入位置,29,可对以下特征限定：,出版物类型,物种：人OR动物,子集：13个子集可选,文本类型选择,语种,性别,年龄段,字段限定,30,例：查找有关儿童糖尿病的英文RCT文献。,diabetes
13、mellitusRandomized Controlled Trial English child,31,32,Limits限定后的检索策略,33,6.4.2 PubMed检索辅助工具,三. Preview/Index(预览/索引) Preview是对检索结果进行预览，显示检索结果的条数和检索式，用户可根据具体情况在检索提问框中用逻辑运算符组配新的检索式。适合于各类检索概念并未十分明确下的试探性查询。Index列出提交的检索词在某一选取字段中，按字顺排列的索引词表中的位置和数量（括弧内），可用滚动条来回进行查看列表。选中的词高亮显示，然后选择合适的逻辑运算符进行检索。,34,选择逻辑算符,In
14、dex：按字顺排列的与输入词相关的索引词表,Preview：预览功能。目前作用不大。,35,6.4.2 PubMed检索辅助工具,四. History(检索史) 执行后的检索策略和结果信息，保留在History中(序号、检索词、检索时间以及检索结果数量) 可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索，如#2 AND #6单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。 点击Clear History按钮可以清除History中的检索策略。 最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。,History功能现被整合为Advanced Search的一部分,36,PubMed的高级检索,运算的优先顺序
15、：从上往下依次执行,37,五. Clipboard：剪贴板或文件夹。便于用户将检索选中记录的暂时保存，方便用户集中打印、下载或索取原文。 剪贴板中可存的最多记录为500条，8小时内无作何操作，记录将自动消失。,6.4.2 PubMed检索辅助工具,38,Clipboard主要与检索结果有关,因此现在只在结果显示页面出现。,使用方法： 鼠标点“ Clipboard”前小圆，即可将结果发送到剪贴板。 选择输出可勾选记录左侧的复选框。,39,6.4.3 主题词/副主题词检索,MeSH Database：具有检索功能的MeSH词表。 作用：帮助用户查找MeSH词并进行检索。 每个主题词的定义和树状结构
16、等信息。 提供副主题词选择、主要主题词限定、扩展主题词等功能。,40,41,点击Search后首先进入对应的主题词列表，在其中再次进行选择。,42,主题词注释,副主题词选择,加权检索主要主题词限定,扩展下位主题词,入口词列表,43,44,树状结构显示,45,46,正确的检索策略,优点： 1）与课题要求相吻合，提高查准率。 2）结果在精力与时间允许范围内。,47,6.4.4 其他检索服务,一. Clinical Queries： 临床咨询 二. Citation Matcher：（单篇/多篇）引文匹配器 三. Journal Browser：期刊浏览器,48,一. Clinical Querie
17、s临床咨询,Clinical queries具备特殊的过滤器装置，帮助临床医生更快捷获取与临床关系密切的PubMed数据：如有关疾病的病因学、预后、诊断、预防以及治疗等方面的信息，以及获取系统综述、医学遗传方面文献。能滤除部分不相关或相关性差的文献。,49,1）Search by Clinical Study Category,研究范畴 1、病因 2、诊断3、治疗 4、预后 5、临床预报指南,查准率与查全率要求 1、查准（范围缩小、特性检索） 2、查全（范围扩大、敏感查找）,50,51,2）Systematic Reviews,52,3）Medical Genetics Searches,全部
18、 诊断 鉴别诊断 临床记录 管理 遗传咨询 分子遗传学 遗传学试验,53,二. Citation Matcher 单篇/多篇引文匹配器,单篇引文匹配器可通过已知的刊名、日期、卷、期、论文首页码、作者名等任一项信息查找论文的题录。经常用于核对参考文献的著录细节。多篇引文匹配器是给出版商用的，一般用户不使用。,54,单篇引文匹配器,55,三. Journal Database：期刊浏览器,查找指定期刊的信息。可分别以某个主题、期刊的全名或刊名中某个词、刊名在MEDLINE的缩写或ISSN号来检索。,56,6.5 检索结果,Related Article:聚类检索方法. Filter your re
19、sults:结果过滤. Also try:相关文本词. Tiltes with your search terms:标题中有检索词的文献.,6.5.1 结果辅助项：,57,6.5.2 结果显示设置(Display Settings)（P104）,Format:显示格式。默认Summary格式，可选Abstract，MEDLINE 、XML等。 Item per page:每屏显示记录数量。 Sort by，检索结果排序。,58,6.5.3 检索结果的输出,59,6.6 My NCBI,如果想持续收到你感兴趣内容的最新更新情况，可以使用y NCBI来保存检索策略并设定-mail的自动更新投递相当
20、于“定题检索”,60,61,62,思考题：,1.PubMed 可检信息有哪些特点？ 2.词语自动匹配转换功能？作用？ 3.检索功能：基本检索、限定检索、高级检索、主题检索、临床咨询？其他检索辅助功能？ 4.主题检索与CBM主题检索基本相同，回忆该功能下检索的过程，加权检索与扩展检索的实现与作用？ 5.结果显示与保存？,63,实习：,1、在PubMed中，使用规范主题词查找“胰岛素（insulin）在儿童（child）糖尿病（diabetes mellitus）患者中治疗应用情况”的文献。 2、检出夏家辉教授1998年在自然遗传（nat Genet）20卷4期370页发表的那篇关于神经性耳聋（neuropathic deaf）基因的论文。,
