1、PCR 扩增产物的电泳分析凝胶电泳分琼脂糖电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳两种. 一、琼脂糖凝胶电泳:琼脂糖凝胶电泳最常用的分离纯化和鉴定核酸的方法 .琼脂糖是从海藻中提取的一种线状高聚物.根据琼脂糖的溶解温度，把琼脂糖分为一般琼脂糖和低熔点琼脂糖.低熔点琼脂糖熔点为 6265，溶解后在 37下维持液体状态约数小时，主要用于 DNA 片段的回收，质粒与外源性 DNA 的快速连接等.(一)凝胶浓度 :凝胶浓度的选择依 DNA 分子的大小而定.琼脂糖凝胶的浓度与 DNA 分离范围琼脂糖浓度(%) 线型 DNA 分子的分离范围(Kb)0.3 5600.6 1200.7 0.8100.9 0.571.2 0.
2、961.5 0.2312.0 0.12(二)电泳缓冲液核酸电泳的缓冲液有三种，即 Tris-硼酸(TBE) 、Tris- 乙酸(TAE)和 Tris-磷酸(TPE).TBE 与 TPE 缓冲容量高，DNA 分离效果好，但 TPE 在 DNA 片段回收时含磷酸盐浓度高，容易使 DNA 沉淀.TAE 缓冲容量低，但价格较便宜。推荐选用TBE.缓冲液中的 EDTA 可螯合二价阳离子抑制 DNA 酶的活性，防止 PCR 扩增产物降解.10X TBE 缓冲液的配制Tris base，108 克EDTA，9.3 克硼酸，55 克H2O 至，1000ul (其 PH 应为 8.08.2) 临用时用水稀至 0
3、.5X TBE(20 倍稀释).(三)核酸电泳的指示剂与染色剂1.指示剂:核酸电泳常用的指示剂有溴酚兰和二甲苯青及银染色 .溴酚兰在碱性液体中呈紫兰色，在 0.6%、1%、1.4%和 2%琼脂糖凝胶电泳中，溴酚兰的迁移率分别与 1Kb、0.6Kb、0.2Kb 和 0.15Kb 的双链线性 DNA 片段大致相同.二甲苯青的水溶液呈兰色，它在 1%和 1.4%琼脂糖中电泳时，其迁移速率分别与 2Kb 和1.6Kb 的双链线性 DNA 大致相似.指示剂一般与蔗糖、甘油或聚蔗糖 400 组成载样缓冲液.载样缓冲液的作用有增加样品密度，使其比重增加，以确保 DNA 均匀沉入加样孔内.在电泳中形成肉眼可见
4、的指示带，可预测核酸电泳的速度和位置.使样品呈色，使加样操作更方便.染色剂:核酸电泳后，需经染色后才能显现出带型，最常用的是溴化乙锭染色法，其次是银染色.溴化乙锭(ethidium bromide，E 是一种荧光染料，EB 分子可嵌入核酸双链的碱基对之间，在紫外线激发下，发出红色荧光.根据情况可在凝胶电泳液中加入终浓度为 0.5ug/ml 的 EB，有时亦可在电泳后，将凝胶浸入该浓度的溶液中染色1015min.琼脂糖凝胶 EB 染色，肉眼可见核酸电泳带，其 DNA 量一般5ng，当溴化乙锭太多，凝胶染色过深，核酸电泳带看不清时，可将凝胶放入蒸馏水浸泡 30min 后再观察.银染色:银染色液中的
5、银离子(Ag+)可与核酸形成稳定的复合物，然后用还原剂如甲醛使 Ag+还原成银颗粒，可把核酸电泳带染色黑褐色.主要用于聚丙烯酰胺凝胶电泳染色.也用于琼脂糖凝胶染色.其灵敏度比 EB 高 200 倍.但银染色后，DNA 不宜回收.(四)电泳1.电泳装置: 电泳装置主要有电泳仪，电泳槽及灌胶模具等 .2.电泳方法: (1)用蒸馏水将电泳槽和梳子冲洗干净.放在水平桌面上，并架好梳子.(2)根据核酸分子量的大小配制不同浓度的琼脂糖凝胶，一般 200400bp 的DNA 片段，可配制 1.21.7%浓度的琼脂糖用于电泳 .3.配制 0.5X TBE 电泳缓冲液 100ml 于三角烧瓶中，称取一定量的琼脂
6、糖粉放入后沸水锅或微波炉内加热熔化.冷却至 60(需要时可加入溴乙锭)，倒入电泳槽中，待凝固.4.向电泳槽中倒入 0.5X TBE，其量以没过胶面 2mm 为宜，小心移去梳子.如样品孔内有气泡，应设法除去.5.在 DNA 样品中加入 0.2 体积的载样缓冲液，混匀后，加入样品孔内.6.接通电源，一般红色为正极黑色为负极，切记 DNA 样品由负极往正极泳动(靠近加样孔的一端为负).电压为 1-5V/cm(长度以两个电极之间的距离计算 ).7.根据指示剂泳动的位置，判断是否终止电泳.一般 200400bp 的 PCR 产物50V 电压，电泳 2040min 即可.(3)溴化乙锭染色后，紫外仪上观察
7、电泳带及其位置，并与核酸分子量标准比较被扩增产物的大小. 二、聚丙烯酰胺凝胶电泳聚丙烯酰胺凝胶电泳适宜分离鉴定低分子量蛋白质、小于 1Kb 的 DNA 片段和DNA 序列分析.其装载的样品量大，回收 DNA 纯度高.长度仅相差 0.2%(即500bp 中的 1bp)的核苷酸分子即能分离.聚丙烯酰胺凝胶是由丙烯酰胺单体，在催化剂 TEMED(N，N，N，N一四甲基乙二胺)和过硫酸铵的作用下，丙烯酰胺聚合形成长链，聚丙烯酰胺链在交联剂，N，N一亚甲双丙烯酰胺参与下，聚丙烯胺链与链之间交叉联接而形成凝胶.聚丙烯酰胺凝胶孔径的大小是由丙烯酰胺的浓度决定的，不同浓度丙烯酰胺和DNA 的有效分离范围见表
8、2.丙烯酰胺(%) 有效分离范围(bp) 溴酚兰* 二甲苯青 *3.5 1002000 100 4605.0 80500 65 2608.0 60400 45 16012.0 40200 30 7015.0 25150 15 6020.0 10100 12 45*表中给出的数字为与指示剂迁移率相等的双链 DNA 分子所含碱基对数目(bp).(一)材料1.电泳仪器:电泳仪及其附件.2.30%丙烯酰胺3.10%过硫酸铵4.1X TBE 电泳缓冲液 5.TEMED(四甲基乙烯基二胺 )(二)聚丙烯酰胺凝胶的制备与电泳:根据分离 DNA 片段的大小及需凝胶的容积，配制聚丙烯酰胺凝胶.1.按要求装配好垂
9、直电泳板，两块玻璃板的两侧及底部用 1%的琼脂糖封边，防止封闭不严而使聚丙烯酰胺液漏出.2.将装好的玻璃电泳板倾斜成 4560角.3.按表 3 配制所需%浓度凝胶的毫升数.4.加入 TEMED 后，立即混匀，缓缓倒入两玻璃板间的胶床中，直到液体接近溢出时为止.5.立即插入适当的梳子，密切注意防止梳齿下产生气泡，用一有力的夹将梳子夹在一边的玻璃板上，然后将玻璃板斜靠在物体上，使成 10角，可减少液体泄漏的机会.6.室温聚合一小时后，将玻璃板插入电泳槽中，上紧，倒入 0.1X TBE 缓冲液.7.小心取出梳子，立即用缓冲液冲洗加样孔，因为梳子取出后，梳子上吸附的及凝胶顶部未聚合的丙烯酰胺会流入加样孔内聚合，产生不规则的表面，将导致以后 DNA 电泳带型不规则.8.将 DNA 样品与适量的载样缓冲液混匀后，加到样品孔内，加样时不要产生气泡.9.接好电极，电压为 1-8V/cm，进行电泳.10.根据指示剂迁移位置来判定是否终止电泳.11.电泳毕，切断电源，弃去电泳仪，取出胶床板，小心移去一块玻璃板，让凝胶吸附在另一块玻璃板上.浸入含 0.5ug/ml 的溴化乙锭溶液中，1530min 后取出水洗紫外仪下观察结果.12.聚丙烯酰胺凝胶电泳只能检出10ng 以上量的 DNA 条带.要求更高的灵敏度，可用银染.
