1、分子对接与全局最优化方法,分子对接,配体受体的相互作用结合自由能的理论计算优化方法,配体与受体的相互作用,生理过程与其有关生物大分子与大分子之间小分子与生物大分子之间蛋白质的生理和药物作用体现在蛋白质与小分子之间,结合自由能的理论计算,静电相互作用氢键相互作用范德华相互作用疏水作用,结合自由能的理论计算,几何形状互补静电相互作用互补氢键作用互补疏水作用互补,几种计算方法,分子动力学自由能微扰方法(FEP)经验计算方法,自由能的经验计算方法(Autodock),自由能的经验计算方法(Autodock),网格能量(Grid Map),近似计算利用计算好的参数三线性插值,现在的问题和今后的方向,溶剂
2、化效应、水分子、柔性问题精确的计算和计算时间的问题表面计算数据库,Autodock的处理,Pdb文件的准备http:/www.rcsb.org/pdb/小分子的准备,分子处理,文件格式：pdb, mol2, mol, pdbq优缺点各种软件的使用babel，chemoffice，weblab viewer，hyperchem等等,babel,转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面。使用方法：babel ipdb 文件名 -h/-d -omol2 文件名Wendows界面babelwin,Chemoffice,画小分子的三维结构(由分子式转化)计算其最小能量构形用PM3或者AM1计算原子电
3、荷或者其他参数,处理蛋白质程序weblab viewer,显示格式加氢减氢氨基酸显示去水除去小分子,显示格式,加氢减氢,利用play scriptSetProperty Atom element=Oxygen :select=onSetProperty Atom element=Sulfur :select=onSetProperty Atom element=Nitrogen :select=onHydrogens Add,多种显示模式,New Hierarchy WindowNew Data Window,去水,除去小分子,全局优化方法,SAGA-NGATabu-Search,Tabu-Search,新的发展,Reactive Tabu SearchEnhanced Continuous Tabu SearchContinuous Reactive Tabu Search,缺点,初始解具有较强的依赖性单-单操作,与NGA的结合,现在的做法：在NGA计算到减少Scale的时候，把最好的值作Tabu Search，TS时sacle也是逐步减少，到一定步数时如果数值不见好的话，就跳回到最好的地方重新开始。缺点,计算结果,讨论重点,找到一个比较好的结合方法初步的设想: 作为局部搜索不浪费计算时间又能逃出局部最优,
