1、美国医学文献数据库,2013.4,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,1,一、数据库概况,（一）编制单位：美国国立医学图书馆(NLM)（二）收录学科内容：主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文献。包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,2,一、数据库概况,（三）文献来源：70多个国家和地区；近5000种生物医学期刊美国卫生研究院文献选择技术评估委员
2、会Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)评估挑选NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。近年数据涉及37种语种，回溯至1949年的数据涉及60种语种。47%为美国本土出版文献，90%为英文文献，79%的文献有文摘。（以上由2009年7月数据库提供）,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,3,二、 MEDLINE的检索平台,广域网免费平台：NCBI-PubMed（含非MEDLINE数据）,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,4,二、 MEDLINE的检索平台,校园网内可用平台（IP控制）Ovid S
3、PWeb of KnowledgeEBSCOOCLC First Search,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,5,校园网内可用平台的Medline,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,6,PubMed数据库,http:/www.pubmed.gov,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,7,一、 PubMed简介,开发机构：NCBI（美国国立生物技术信息中心）http:/www.ncbi.nlm.nih.gov 任务:利用计算机信息处理技术，建立分子生物学、生物化学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关先进方法的研究。促进生物技术研究者和医药
4、治疗人员对数据库和软件的使用。 促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,8,NCBI网站,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,9,NCBI提供的数据库,检索大分子生物学数据获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列；获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列，从核酸序列翻译到蛋白质的序列；获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数据及大分子模式（MMDB）等其他生物信息数据库检索。PubMed等文献数据。,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,10,（二） PubMed的特点,广域网免费提供题录和
5、文摘提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词智能转换匹配界面简洁，操作简便(须IE7.0以上版本),2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,11,（三） PubMed收录数据,MEDLINE Indexed1966 to prensent 的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和摘要，每条记录标有：PubMed-indexed for MEDLINE OldMEDLINE1949-1965年间的MEDLINE数据，无MeSH字段和摘要，每条记录标有：PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,12,（三）
6、PubMed收录数据,MEDLINE Inprocess最新的MEDLINE处理中数据，未标引，无MeSH字段。每条记录标有：PubMed-in process。Publisher-Supplied出版商提供的电子文献题录，每条记录标有: PubMed-as supplied by publisher，分为两类： MEDLINE 收录，逐步转为In Process, Indexed状态。 Not MEDLINE：PubMed 收录，MEDLINE不收录，一直标注PubMed-as supplied by publisher或PubMed,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,13,
7、二、PubMed的检索功能,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,14,基本检索输入框,高级检索,检索指南,检索工具：特定文献检索临床查询专题查询,其他资源：规范词数据库期刊数据库临床试验等,个人空间,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,15,检索栏可输入一个或多个检索词（系统默认空格为AND检索）如：stroke thrombolysis（中风与溶栓）,三、PubMed 基本检索规则,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,16,检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算符须大写）如：asthma AND (therapy OR treatment)字段限定符：
8、，空格按词组匹配试比较： stroke AND thrombolysisti stroke thrombolysisti stroketi AND thrombolysisti stroketi thrombolysisti,三、PubMed 基本检索规则,著者检索：姓全称在前，名首字母在后，au。如: smith abau “paulsen e”au思考题：中国学者的名字该如何转换呢？ 如： 闻玉梅 卢正宏,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,17,三、PubMed 基本检索规则,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,18,刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩
9、写, so如：Journal of investigative dermatologyso J invest dermatolso,三、PubMed 基本检索规则,输入刊名检索发表在该刊上的文献（限定出处字段SO）,PubMed记录字段说明,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,19,文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,20,电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称
10、文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,21,最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,22,作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式（纸张或电子） 参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论
11、的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码标准期刊缩写文献标题翻译标题更新文献文献正在更新期刊卷号,三、PubMed 基本检索规则,截词检索：treat*可检出：treat, treated, treatment.强迫短语检索：“ ”，不进行自动转换匹配和扩展检索如：“acute low back pain” “ang 1”（血管紧张素1缩写）检出1085篇比较：ang 1 检出9956篇，误检多，其中有：,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,23,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,24,三、PubMed 基本检索规则,自动转换匹配检索词： 对常用医学名
12、词自动在规范词索引（主题词、副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有记录字段中匹配。如：liver cancer liver neoplasmsMeSH Terms OR (liverAll Fields AND neoplasmsAll Fields) OR liver neoplasmsAll Fields OR (liverAll Fields AND cancerAll Fields) OR liver cancerAll Fields,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,25,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,26,结果显示页右侧Details显示系统自
13、动匹配转换的检索词,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,27,四、PubMed 检索限制,PubMed可以针对检索结果作进一步的限制,Article types 文献类型限定 Text availability 全文、免费全文、摘要限定Publication dates 出版日期限定Species 研究对象人/动物限定Languages 语种限定Sex 性别限定Subjects 各主题领域限定Journal categories 各种专题子数据库限定Ages 年龄限定Search fields 字段限定,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,28,2018/4/11,
14、复旦大学图书馆文献检索教研室,29,五、PubMed 高级检索,一个网页中集多种功能于一体,其他检索资源,检索历史,检索式编制,检索词索引,基本检索,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,30,Search Builder（检索式编制）：检索框中只能输入检索词，不能输入检索式。多个字段检索要分多次输入。Search History（检索历史）：检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。可组配检索式，如：#1 OR #2，#1 AND child点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。,五、PubMed 高级检索,六、PubMed其他资源,1. Mesh Database（规范化医学
15、主题词表）功能：确定规范化主题词查看主题词词义注释、树状结构表选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词进入途径：MeSH Database链接：PubMed主页，Advanced Search界面MeSH选项：基本检索框前Search下拉菜单的,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,31,文章A著者用词：Liver cancer 规范主题词 MeSH：Liver neoplasms,词表中：liver cancer See liver neoplasms,（2）医学主题词表（MeSH）,用规范词查找“肝肿瘤”的文献,文章B著者用词：Liver tumor 规范主题词 MeSH：
16、Liver neoplasms,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,33,进入 MeSH,MeSH 注释界面,MeSH详细注释界面,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,36,MeSH词检索,例1：检索2009-2013年关于舌根癌治疗的文献。课题分析：舌根癌的不同表达形式（OR）：tongue base cancer、cancer/carcinoma/tumor of tongue base、cancer of the base of tongue治疗的不同表达形式（OR） ：therapy/treat/treatment, surgery, radiotherap
17、y两个概念之间：舌根癌 AND 治疗,输入检索词，查找规范词,未匹配到规范词,改用上级概念“舌癌”匹配,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,38,输入自由词，查找规范词,规范词,同义词,副主题词,规范词隶属关系树,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,39,选择副主题词,建构检索语句,限定检索主要主题词，只查重点论述的文献,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,40,输入舌根的自由词检索式，进行AND运算。,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,41,初步结果，未限定年份,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,42,设定的限制,20
18、18/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,43,自由词检索最新文献,输入(tongueti AND baseti AND (cancerti OR carcinomati OR tumorti) AND (therapy OR treat OR surgery OR radiotherap* OR rehabilitat*),加工中，无MeSH词,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,44,合并两次检索结果,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,45,文献归类功能,Abstract格式提供全文链接、规范词等信息,排序方式选择,免费全文链接,点击标题显示文摘增强格式,
19、2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,46,文摘增强格式,相关论文,MeSH词、物质名、文献类型等信息,LinkOut外部资源链接,全文链接，我校订购的数据库可链全文，需在校园网内设免费代理,相关的网上免费医学指南信息,全文链接,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,47,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,48,输出方式选择,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,49,八. 输出方式选择（send to）,File：保存检索结果为文本文件Clipboard 剪贴板，多次检索，可暂存每次检索需下载的记录，最后一起保存。 最多允许存储500条，保
20、留8小时。Email: 通过邮件发送Collections：将检索结果存到My NCBI中Order：全文传递服务，需帐号、收费。,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,50,订阅最新结果,点击后点“XML”按钮,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,51,需IE7.0以上版本,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,52,定期点击链接，接收课题最新相关论文,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,53,MeSH词检索,例2：用MeSH检索2003-09年期间关于霉酚酸酯在肾衰竭治疗中疗效观察的文献。课题分析：匹配物质名称：mycophenolate
21、 mofetil匹配主题词：renal failure, treatment effect（AND）匹配副主题词：drug therapy, surgery, therapy,rehabilitation,药物名称MeSH检索,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,55,疾病概念MeSH检索,疗效观察MeSH检索,MeSH检索的优点,查全同义词:如：renal/kidney insufficiency; tongue cancer/tumor查全子概念:如：acute kidney injury; ATN; chronic kidney insufficiency;,查全子概念：自
22、动扩展检索下位词,勾选后不扩展下位词,树形结构,上位词,MeSH检索的优点,查全同义词,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,61,MeSH检索的优点,根据树形结构调整检索词缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词；扩大：选用上位词，或选用多个同位词；了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考,款目词：规范词所替代的不同表达形式的自由词,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,62,MeSH检索的优点,提高文献相关度标有MeSH词的都是文章的主题，筛去非主题的文章Major Topic Headings（加权，重点论述的主题）,带*的是文献重点论述的主题,2018/4/1
23、1,复旦大学图书馆文献检索教研室,63,MeSH检索的缺陷,人工标引费时，最新论文还未标MeSH词（ In Process），用MeSH会漏检。Medline不收录的文献，Supplied by publisher的文献，不标MeSH词。新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。如：SARS（03年词表中没有），舌根癌查上述类型的文献需结合自由词检索,九、PubMed其他资源,2. Journal in NCBI Database（期刊信息库）通过输入刊名全称或缩写、ISSN号等浏览期刊出版社等详细信息。提供期刊：在PMC中的免费全文链接在Nucleotide，Protein，Pubmed等库中
24、的记录链接。相关的其他期刊,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,64,输入待检期刊名,期刊详细信息,全文等链接,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,66,十、PMC (PubMed Central),生命科学免费期刊资源中心免费提供900多种期刊的10多万篇全文其中部分文献被PubMed涵盖,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,67,进入PubMed Central,下拉主页滚动条至底,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,68,PMC首页进入高级检索,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,69,查找肾衰竭的药物疗法,2018/
25、4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,69,全文链接,GoPubmed文献分析,2018/4/11,复旦大学图书馆文献检索教研室,71,GoPubmedPubMed文献分析工具,GoPubMed是德国Transinsight公司和德国德累斯顿大学合作开发，对PubMed检索结果进行筛选、分析的工具。智能搜索、交互式筛选找出重要论文。,为什么GoPubMed有如此大的功能？,包括生物医学所有概念及其语义关系,GoPubMed可以告诉我们4W,What,Who,Where,When,自动显示备选主题词鼠标移动至主题词可显示注解、同义词等,统计,顶尖作者,案 例 分 析,H1N1流感的研究进展利用
26、GoPubMed查找相关文献，并了解以下四个“W”：What ，Who，Where，When；了解涉及甲流病毒研究的文章；查找中国内地（不含省港澳）关于达菲治疗甲流influenza A virus H1N1的研究文章,自动显示备选主题词鼠标移动至主题词可显示注解、同义词等,时间分析,国家分析,城市分析,刊物分析,地区分布图,主题分析,作者分析,研究人员关系网,线条越多，线形越多，地位越重要,课题发展趋势,高频词列表,按研究领域分类,What,What 文献按研究领域分类,了解专家们的研究,Who,了解研究的地理分布,Where,用稿期刊分析,按时间分析,找寻最新文献，了解研究进展,了解抗病毒
27、药物应用于甲流的情况Antiviral Agents 382,相关的Mesh词,链接到维基百科,摘要,期刊信息,查找中国内地使用达菲治疗甲流的研究文章,点击知识点选择框+表示逻辑与AND-表示逻辑非NOT空白表示无限制,自动同步生成检索式，点击“Find it”检索即可,检索结果处理,显示所有记录的摘要,打开结果输出菜单,显示文献统计分析,显示当前记录摘要,将当前记录加入剪贴板,管理者模式,管理者模式,用户可以以管理者的角度对计算出来的相关概念进行评价。+ 表示高度相关o表示相关性弱表示不相关不正确还可以进行概念检索评价的时候用鼠标点击即可,从本记录中计算出来的相关概念,检索结果处理,显示文摘输出文件（Endnote）显示统计数据,输出记录可以链接到全文,挑选文献并添加至剪贴板,将记录从剪贴板中去除,获取全文,
