1、miRNA 命名规范一、miRNA 的定义miRNA(microRNA)是一组由基因组编码的长度约 2023 个核苷酸的非编码 RNA，通过和靶基因mRNA 碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解 mRNA 或阻碍其翻译。miRNA 在物种进化中相当保守，在植物、动物和真菌中发现的 miRNA 大部分在特定的组织和发育阶段表达。miRNA 的组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明 miRNA 在细胞生长和发育过程的调节过程中起多种作用。二、miRNA 数据库miRBase 序列数据库是存储 miRNA 信息最主要的公共数据库之一，提供公布的 miRNA 序列及注释信息。目前 mi
2、RBase(Release 18.0)记录了 18226 个 miRNA。三、miRNA 名称与编号1) miRNA 成熟体命名规则(以动物 miRNA 为例)确定命名规则之前发现的 miRNA，则保留原来名字，如 hsa-let-7。miRNA 成熟体简写成 miR，再根据其物种名称，及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字，如 hsa-miR-122；高度同源的 miRNA 在数字后机上英文小写字母(a,b,c,) ，如 hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c 等；由不同染色体上的 DNA 序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的 miRNA，则在后面机上阿拉伯数字以
3、示区分，如 hsa-miR-199a-1 和 hsa-miR-199a-2；通常一个 miRNA 前体长度大约为 7080nt，很可能两个臂分别产生 miRNA。以前的做法是：表达水平较高的 miRNA 后面不加任何符号，而表达水平较低的 miRNA 后面加上*号，如 rno-miR-9*。有时带“*”的 miRNA 就根本不出现。而如果没有明显的表达差异，则以“-5p”和“-3p”分别命名。如 hsa-miR-26b-5p 和 hsa-miR-26b-3p，分别表明从 hsa-mir-26b 前体的 5端臂和 3端臂加工而来的。在以前的命名中，有时也会以“-s”和“-as” 来命名，但现在已
4、经取消了这种命名方式。注意：miRBase 18.0 对 miRNA 成熟体的名称进行了大量的修改，很多带“*”的 miRNA 都变成了“-5p”或“-3p”。当然，新名称下面对应有其原来的名称。案例请见：http:/www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI00004422) miRNA 编号及名称(以动物 miRNA 为例)miRBase 记录了 miRNA 前体序列及 miRNA 成熟体序列，其中： miRNA 前体发夹状结构的 miRNA 前体转录本以“mir”命名，其编号以“MI”编号，如人的 miRNA 122 的前体 ID 为hsa
5、-mir-122，Accession 为 MI0000442。 miRNA 成熟体大约 2023nt 的 miRNA 成熟体以 “miR”命名，其编号以“MIMAT” 编号，如人的 miR-122 有两个成熟体，其中之一 ID 为 hsa-miR-122-5p ，Accession 为 MIMAT0000421;另一个为 ID 为 hsa-miR-122-3p ，Accession 为 MIMAT000 4590。案例请见：http:/www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI00004423) 不同物种命名方式差别动物：miRNA 前体：以动物
6、物种缩写+“-”+ mir+“-”+命名顺序，如 hsa-mir-122；miRNA 成熟链：以动物物种缩写+“-”+ miR+“-”+命名顺序，如 hsa-miR-122-5p；植物：miRNA 前体：以植物物种缩写+“-”+ MIR+命名顺序，如 ath-MIR156a。注意：MIR 是大写，并与命名顺序之间没有“-”；miRNA 成熟链：以植物物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如 ath-miR156a。注意：miR 是小写，并与命名顺序之间没有“-”； 病毒：miRNA 前体：以病毒物种缩写+“-”+ mir+命名顺序，如 bhv1-mir-B1；miRNA 成熟链：以病毒物种缩写
7、+“-”+ miR+命名顺序，如 bhv1-miR-B1。四、miRNA 加工及作用机制(以动物为例)miRNA 是一类基因组转录出来的基因表达调控元件编码基因，在动物中多位于基因间隔区及基因内含子。1) 绝大多数 miRNA 基因在 RNA 聚合酶的作用下形成较长的茎环结构，称为初级 miRNA(primary miRNA，pri- miRNA)。2) Pri-miRNA 在 Drosha-DGCR8 复合体的作用下形成长度约 60-70 个核苷酸的发夹状 RNA，成为前体 miRNA(precursor miRNA，pre-miRNA)。3) 随后，pre-miRNA 在 Exprotin
8、-5 复合物2的作用下被转运出胞核，在胞浆中由 Dicer 剪切成为miRNA 复合体，miRNA 复合物(RNA-induced silencing comlex，RISC)与该 miRNA 的 3翻译区(3UTR)结合到位于胞浆的 P-body(processing bady)中。4) 作用方式与匹配程度有关：如果 miRNA 与靶 mRNA 匹配完全，则该复合体降解 mRNA；若两者序列部分匹配，尤其是 miRNA 的 5端 2-8 个被称为种子序列(seed sequence)的核苷酸与靶mRNA 完全匹配，则通过抑制靶 mRNA 的翻译来沉默特定基因。有报道指出，有些 miRNA 可以通过与 DNA 匹配的方式进而调控表观遗传学变化。此外，某些 miRNA，如 miRNA-16 能够特异结合于某些基因 3UTR 的富含 AU 元件(AU rich element,ARE),指导 Ago 等组成 RISC 区的蛋白与 TTP 结合，从而改变相应 mRNA 的半衰期，加速靶mRNA 的降解。
