1、本地 Blast2GO 安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案http:/blog.shenwei.me/local-blast2go-installation/ Posted on 2013-08-17 by shenweiin Bioinformatics(4 votes, average: 5.00 out of 5)分享到： QQ 空间 新浪微博 腾讯微博 微信 人人网 更多 本文提供改进的本地化 Blast2GO 自动化安装脚本，以及指导如何更新数据库，并提供导入数据中断的解决方案。对无 root 权限的用户同样有效，同时指导如何成功运行 b2g4pipe 和本地Blast2G
2、O 图形界面。由于 Blast2GO 官方网站提供的 Blast2GO 数据库安装教程需要用户具有 root 权限，而其官网上另一自动化安装脚本已过时，会出错，故文本将二者结合，并根据自身经验重新整理。软件环境 操作系统 ：Linux（Centos, Ubuntu, Fedora 等），最好有 root 权限，方便配置mysql。 数据库 ：Mysql（或者 Mysql 的分支 MariaDB），要有能创建数据库权限的用户，如果没有，可以参照我另一篇日志 在没有 Root 权限的情况下安装 Mysql。 Java 运行环境：一定要 Oracle JDK (6、7 都行) ，不要用 OpenJD
3、K，否则无法运行b2g4pipe！可参照我另一篇日志 Linux 安装 JDK（内含没 root 权限时安装方法）。 Local NCBI-Blast，可参照我另一篇文章 Linux 系统中 NCBI BLAST+本地化教程。注：1. 除非是已经非 root 安装 mysql 在有足够磁盘空间的分区（home）下，请一定参照网上的方法把 Mysql 的数据库目录配置到有足够空间的目录下面！2. 安装 oracle jdk，不用卸载openjdk，并切换 java 到 oracle jdk。sudo /usr/sbin/alternatives -c1 sudo /usr/sbin/altern
4、atives -config java手动准备数据1) 避免不稳定的网络环境使下载中断，自己用迅雷或者 FTP 客户端（wget 也支持断点续传）下载以下 4 个文件（一共 5.1G）： godatabase: http:/archive.geneontology.org/latest-full/ 目录下对应的 go_XXXX-assocdb-data.gz gene_info.gz: ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz gene2accession.gz: ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/g
5、ene2accession.gz idmapping.tb.gz: ftp:/ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz2) 解压文件。提示：gzip -d 解压文件后会删除原来的压缩文件。gzip -d *.gz1 gzip -d *.gz3）下载 local_b2g_db.zip 文件，并解压。内含创建数据库的 b2gdb.sql 文件和导入 idmapping文件的 java 程序 ImportIdMapping.class 及其依赖的库 mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar。为了方
6、便，上述文件都放到同一目录下。解压后文件清单如下：./: 31.48 GB 2.97 KB ImportIdMapping2.33 KB b2gdb.sql 1.83 KB download_and_in3.27 GB gene2accession 1.32 GB gene_info12345./: 31.48 GB2.97 KB ImportIdMapping.class2.33 KB b2gdb.sql1.83 KB download_and_install.sh3.27 GB gene2accession67891.32 GB gene_info22.37 GB go_201307-as
7、socdb-data4.51 GB idmapping.tb528.18 KB mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar导入数据库0) 预防针。b2gdb.sql 建立数据库以及用户时，默认只赋予用户（blast2go）在本机（localhost）访问数据库（b2gdb）的权限，如下所示：b2gdb.sql MySQLGRANT ALL ON b2gdb.* TO blast2FLUSH PRIVILEGES;12GRANT ALL ON b2gdb.* TO blast2golocalhost IDENTIFIED BY blast4it; FLUSH PRIVI
8、LEGES;如果你今后需要在自己电脑使用服务器的 b2g 数据库，那么你需要赋予 blast2go 在任意主机（%）访问数据库的权限，修改如下：b2gdb.sql GRANT ALL ON b2gdb.* TO blast2FLUSH PRIVILEGES;12GRANT ALL ON b2gdb.* TO blast2go% IDENTIFIED BY blast4it; FLUSH PRIVILEGES;没这样设置的结果就是，PC 远程连接服务器的数据库提示 connection time out，即使 PC 和服务器的防火墙设置无问题，仍然无法连接数据库。那么补救措施就是在服务器登陆 m
9、ysql（必要时-P 指定端口），运行上述两句 mysql 命令。1) 配置 download_and_install.sh 文件：download_and_install.sh Shell#!/bin/sh# 配 置 以 下 7行godbname=go_201307-assocdb-datadbname=b2gdb dbuser=root 12345678910111213141516#!/bin/sh# 配置以下 7 行godbname=go_201307-assocdb-data # 根据 http:/archive.geneontology.org/latest-full/下assoc
10、db-data.gz 文件更改dbname=b2gdb # 数据库 名称，不用改dbuser=root # 数据库 用户名dbpass=passwordofroot # 数据库 用户密码dbhost=localhost # 数据库 所在 ipdbport=3306 # 数据库 端口，3306 是默认的，如果是无 root 权限安装的MySQL，一定要改为设置的端口，比如我的 33060path=/home/shenwei/Public/Data/local_b2g # 数据文件目录，注意路径末尾不要有“/”# 如果已经下载数据文件，下列部分保持注释# Download the GO datab
11、ase the NCBI mapping files and the PIR mapping# wget http:/archive.geneontology.org/latest-full/$godbname.gz# wget ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz171819202122232425262728293031323334353637383940# wget ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz# wget ftp:/ftp.pir.georgetow
12、n.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz# 如果已经下载并解压数据文件，下列部分保持注释#unzip files# gzip -dv $godbname.gz# gzip -dv gene_info.gz# gzip -dv gene2accession.gz# gzip -dv idmapping.tb.gzecho 1. Create the DB Tables and usermysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass Import-Import Blast Results-One XML File
13、，导入10_BlastResults_2011.xml，菜单栏 Mapping-Run Go Mapping Step 即可。运行一分钟左右完成。数据库更新 ，导入数据中断的解决方案：1）assocdb-data 数据的更新：下载解压新的 assocdb-data 文件后，注释 download_and_install.sh 中其它导入数据的命令，只保留第二步：# Import data to the GO Databecho 2. Import $godbnamemysql -h$dbhost -u$dbuser -p$db123# Import data to the GO Databas
14、eecho 2. Import $godbnamemysql -h$dbhost -u$dbuser -p$dbpass $dbname use b2gdb;Database changed1234567891011121314151617$ mysql -u root -pEnter password: mysql use b2gdb;Database changedmysql truncate table gene2accession;Query OK, 0 rows affected (16.67 sec)mysql truncate table gene_info;Query OK,
15、0 rows affected (2 min 2.49 sec)mysql truncate table gi2uniprot;Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)mysql quitBye注意，上面 truncate table gi2uniprot 花费 0.00 sec 是因为当时我还没有导入 idmapping.tb，即 gi2uniprot 中还没有数据，所以速度很快。3）用 download_and_install 导入数据时，如果出现中断，请参照上面“数据库各文件大小” 核对数据文件大小，确认已导入和未导入的数据库，按照“数据库更新”的操作恢复
16、导入过程，切勿简单地重新运行 download_and_install。参考1. Blast2GO 安装 http:/ Blast2GO Documentation http:/ Local Blast2GO Database Installation http:/ 其它无数 Google 出来的页面其它根据 b2gPipe.properties 文件可以看出， blast2go 的不仅能做基本的 go 注释（本文所安 b2g 数据库所支持），还能（需要）做 GoSlim、Simap Integration 等（均需联网），甚至在线blast，这需要运行 b2gPipe 或者 b2gGUI 的电脑能链接互联网。那么通过 ssh 连接服务器做的时候就需要服务器联网，或者通过代理让服务器联网；或者在自己联网的 PC 上做。至于，PC 远程连接服务器的数据库提示 connection time out 的情况，请参照前文“ 导入数据库”的“0) 预防针 ”部分。感谢各位的反馈。
