1、翁蕾鸣 北京大学医学图书馆信息咨询部,文摘型数据库PubMed 检索方法与技巧,主要内容,创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI) 1996年1月开始向全球开放 特色：免费、收录广、内容全、检索途径多、检索体系完备、 文摘库，部分文献还可在网上直接免费获得全文。 http:/pubmed.gov,PubMed简介是什么？,NCBI (National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心) 目前国际上几个重要分子生物信息网站之一 成立的原因:已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生
2、物医学研究的重要性 1988年11月4日成立 是National Institutes of Health（NIH 美国国立卫生研究院）底下的National Library of Medicine（NLM 美国国立医学图书馆）的部门之一 NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。,PubMed简介是什么？,NCBI目前提供的生物信息资源主要分为 生物数据库 生物信息工具,PubMed简介是什么？,生物数据库 永久数据的大的组织体 结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。 容易取得信息并且只取得回答特殊生物问题的信息 Entrez： NCBI的数据库搜寻与存取系统，可用来获取单一数据库或
3、许多数据库的整合数据。 目前，NCBI提供的公开（Open Access）数据库包括如下：,PubMed简介是什么？,PubMed简介是什么？,NCBI目前提供的生物信息资源主要分为 生物数据库 生物信息工具,PubMed简介是什么？,Entrez 一个整合的访问序列，定位，分类和结构数据的搜索和检索系统。 整合的数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。 可以检索相关的序列，结构和参考文献。BLAST 序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。 在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。附加软件工具开放阅读框寻觅器（ORF
4、 Finder），电子PCR，序列提交工具Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从HTTP或FTP来获得。,PubMed简介是什么？,Entrez可以检索的数据库：,Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库 Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据 Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库 3D Domains，蛋白质功能
5、区块立体结构数据 Gene，包含许多物种的基因数据库 Genome，包含超过800种物种的基因组数据库 GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱 GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据 GEO Profiles，基因表现图谱 HomoloGene，同源基因批注数据库 Journals，期刊文献（包含PubMed） MeSH，医学主题词数据库 NCBI Web Site，所有NCBI网页 NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录 Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB
6、等三大序列数据库）,PubMed简介是什么？,Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库 PopSet，族群演化分析相关研究资料 Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料） PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料 PubChem Compound，小分子化学物质结构 PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据 PubMed，科学文献报导数
7、据库 PubMed Central，科学文献数字全文数据库 Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTP SNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP) Structure，分子模型数据(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息 UniGene，人类unique基因序列数据库 UniSTS，unique序列卷标地址数据库,Entrez可以检索的数据库：,PubMed简介是什么？,http:/ （汉化）,英文检索,新版PubMed首页 特色： 简洁、清新 检索速度较快,PubMed简介是什么？,PubMed数据范围,数据类型：期刊论文、综述以及与其他数据资源链接。 特点
8、： 免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词自动转换匹配 操作简便、快捷,PubMed简介是什么？,数据来源,PubMed简介是什么？,PubMed数据范围,MEDLINE 4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。 文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年。 记录中用PubMed-indexed for MEDLINE标记表示 注 截止2006年3月15日PubMed公布的数据,PubMed简介是什么？,OldMedline 1950-1965年间发表的200多万篇
9、文献 没有MeSH字段和摘要 记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。,PubMed数据范围,PubMed简介是什么？,In process citation 提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。 获MeSH词后，再加入MEDLINE。 记录中用PubMed-in process标记表示。,PubMed数据范围,PubMed简介是什么？,Publisher Supplied Citations 出版商直接向PubMed提供电子记录 包括MEDLINE未收录的部分记录 记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。,Pub
10、Med数据范围,PubMed简介是什么？,PubMed not Medline PubMed收录Medline不收录的文献。 记录中用PubMed标记表示。,PubMed数据范围,PubMed简介是什么？,PubMed简介是什么？,数据来源,主要内容,1. 查文献：查找目的文献的文摘题录信息书目文摘条目2千万余条，每年约增加50万条（2011年数据） 2. 找全文：获得部分文献的全文PMC（Pubmed Center）可提供部分文献的全文 提供可以获得全文的网站和数据库链接Linkout 3. 扩展阅读：提供相关文献链接Related citations,PubMed特色服务能干什么？,Pub
11、med小工具 跟踪某一领域的最新进展Cubby（My NCBI),PubMed特色服务能干什么？,主要内容,PubMed检索方法怎么用？,1. 检索机制,自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping)对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是： MeSH表 期刊刊名注释表 短语表 作者索引 短语检索(Phrase Searching) 要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“ ”将其引起来。 如：“drug therapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。,MeSH注释表包括Me
12、SH词、副主题词、MeSH词相关参照(也称款目词)、物质名称、物质名称同义词等。如果输入的检索词在注释表中发现有匹配的词，则该词将被作为MeSH词和自由词(即textword)同时进行检索。例如，如果我们输入Vitamin h,PubMed会这样检索：(“BiotinMeSHOR vitamin htw)vitamin h是MeSH词Biotin的款目词。,包括期刊名全称、期刊名MEDLINE缩写、ISSN号。例如，如果你输入“New England Journal of Medicine”，PubMed将按“N Engl J Medta”查询。,如果在MeSH注释表或期刊名注释表中未发现匹配
13、的词，PubMED就会检索来自MeSH、物质名称、题名和文摘中多次出现的常用词组表，,如果输入的检索词在以上词表中未找到，且该词后有一或二个字母，PubMed就会查检作者索引。如果在作者索引中仍未找到匹配词，PubMed就将该词组分开并重复上面的查找过程。如果还没有匹配词，PubMed将该词组的每个单词用AND组配并在所有字段中查找。,布尔逻辑组合 检索，常用的 逻辑关系词有 AND，OR， NOT等,逻辑与（AND） -检出记录中同时含有检索词A和检索词B.如：A AND B （AIDS and therapy）,逻辑非（NOT） -在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。如：A NOT
14、 B（ Hepatitis not Animal）,逻辑或（OR） -检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。如：A OR B （ AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome）,2. 布尔逻辑运算符,PubMed检索方法怎么用？,3. 检索方法,基本检索 高级检索 主题检索 临床咨询,PubMed检索方法怎么用？,www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed,常用工具,Welcome to PubMed,使用帮助,更多服务,检索词输入框,高级检索,主题检索,基本检索,临床咨询,PubMed检索方法怎么用？,默认检索字段为
15、主题、作者、期刊,一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,关键词、词(词组)或短语： 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer； 带有双引号“ ”作为短语检索：“cancer therapy”； 带有连接号“-”作为一个词组检索：interleukin-6。 限制检索字段：如liver cancerti 作者：Smith J 、 仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如： Smithau 2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索 如：Joshua Lederberg,一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,作者姓名检索按照姓+名缩写（不用标点）的格式键入作者
16、姓名，如：smith ja或jones k, 系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一般用缩写。考虑到作者姓名的不同形式，PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索，如：smith j将检索成smith ja, smith jc,smith jr 等。精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作者字段限定AU，如：“smith j“au，这样可避免PubMed自动转换，实现精确查找。,一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,作者姓名检索 按照姓(全写) +名(缩写)， 之间不用标点 键入作者姓名,smith j,PubMed检索方法怎么
17、用？,精确检索避免 PubMed自动 词汇转换，实 现精确查找,“smith j“au,期刊刊名：可用期刊全称：GENE THERAPYTA； 可用期刊简称：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association),一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,期刊检索在检索框中键入期刊名，如：molecular biology of the cell，系统的“自动词语匹配”功能会将它转换成mol biol celljournal进行检索。也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol biol cell，或者是输入刊物的ISS
18、N（国际标准出版物代码）进行检索，如：1059-1524。如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：cancer， science，cell等，PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化处理，即在杂志名后面加TA。如：“cell“ta,一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,期刊的一般检 索，是在检索 输入框中键入 期刊名或期刊 的ISSN号,Eur J Immunol,期刊的标准检 索，是在期刊 名后面加字段 限定TA. 比 如:“cell“ta,“cell“ta,复杂表达式：liver cancer AND therapy 带有摘要文献
19、的检索 ：liver cancer AND has abstract,一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,截词检索截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。 截词符：用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索。 如：bacter*，可以检出bacter，bacteria， bacteriophage ，bacterium，等最多600个单词。,一.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,截词检索可以 扩大检索范围 提高查全率。,bacter*TI,字段限制检索采用字段限制方式进行检索，其规则是： 检索词1字段标识 逻辑运算符 检索词2字段标识如：查找作
20、者为crick在1993年发表的有关DNA方面的文献. 检索式： DNAmh AND crickau AND 1993dp,1.基本检索,PubMed检索方法怎么用？,常用字段组成,标识符 字段名称 TI Title AU Author AD Affiliation AB Abstract DP Publication Date EDAT Entrez Date SO Source TA Journal Title Abbreviation MH MeSH Terms PT Publication Type,INTERNET,字段限制检索 其规则是：检 索词+字段 标识,DNAmh AND c
21、rickau AND 1993dp,分析该检索课题，包含两个方面： 肝癌：liver cancer； 治疗：therapy两个主题之间的逻辑关系是AND，即 liver cancer AND therapy,1.基本检索举例：肝癌的治疗,PubMed检索方法怎么用？,输入：liver cancer AND therapy,基本检索举例：肝癌的治疗,所得结果数,文献出处,文献标题,Pubmed编号，文献类型,文献著者,PubMed检索方法怎么用？,PubMed检索方法怎么用？,对检索结果进行进一步过滤和限定,非英文的文献 篇名上有中括 号 且注明 有语种,英文文献,土耳其语, 篇名 ,英文文献,
22、2.高级检索,高级检索,PubMed检索方法怎么用？,检索式生成框,检索史,检索框,分析该检索课题，包含两个方面： 作者为：马大龙（ma dl）； 作者单位为：北京大学（peking university）,2.高级检索举例：北京大学马大龙的文章,PubMed检索方法怎么用？,第一步：输入作者姓名,输入：ma dl,第二步：输入作者单位,输入： peking university,根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。,点击MeSH Database打开主题检索界面,3.主题检索,PubMed检索方法怎么用？,查找主题词,分析该检索课
23、题，有两个概念：长春新碱（Vincristine ） 、白血病（leukemia）： 对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”； 对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。同时这两个概念之间是AND的关系。,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,PubMed检索方法怎么用？,第1步：检索长春新碱/治疗应用,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,3.主题检
24、索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,副主题词,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索
25、白血病/药物疗法,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第
26、2步：检索白血病/药物疗法,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,我们通过两个主题检索分别得到了： “长春新碱/治疗应用” 的检索结果 “白血病/药物疗法” 的检索结果下面我们要把这两个检索结果用AND组合起来，就需要用到检索史,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,3.主题检索举例：长春新碱（Vincri
27、stine ）治疗白血病（leukemia）的文献,可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等； 也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。,4.临床咨询和系统评价,PubMed检索方法怎么用？,4.临床咨询和系统评价,临床研究,系统评价,检索医学遗传学研究方面的文献,PubMed检索方法怎么用？,4.临床咨询和系统评价,PubMed检索方法怎么用？,PubMed检索方法怎么用？,4.临床咨询和系统评价,主要内容,结果的显示、打印、保存 显示 保存、打印,其他辅助功能,
28、结果显示,显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种： （1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。 （2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。 （3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。,其他辅助功能,保存记录 在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。 选择“E-m
29、ail”，则可将结果发送至邮箱。 在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。,结果保存,其他辅助功能,剪贴板或文件夹。用于用户将检索选中记录的暂时保存，方便用户集中打印、下载或索取原文。剪贴板中可存的最多记录为500条，如果一小时内无作何操作，记录将自动消失,练习题,检索有关“甘露醇（Mannitol）治疗青光眼（Glaucoma）”方面的英文综述（review）文献 检索有关“微量元素（trace elements）缺乏与皮肤病（skin diseases）关系”的文献,Questions?Thanks!电话：82801292-,
